Theo đó, Ban Chỉ đạo Đổi mới và Phát triển doanh nghiệp có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, hướng dẫn triển khai, kiểm tra việc thực hiện công tác đổi mới doanh nghiệp nhà nước, nông, lâm trường quốc doanh và phát triển doanh nghiệp đăng ký hoạt động theo Luật Doanh nghiệp. Ban Chỉ đạo Đổi mới và Phát triển doanh nghiệp do Phó Thủ tướng Chính phủ làm Trưởng ban, được kiện toàn trên cơ sở Ban Chỉ đạo đổi mới và Phát triển doanh nghiệp thành lập theo Quyết định số 98/2000/QĐ-TTg ngày 17/8/2000 của Thủ tướng Chính phủ. Ban Chỉ đạo có 1 Phó trưởng ban thường trực là Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ và 1 Phó trưởng ban chuyên trách. Các ủy viên Ban Chỉ đạo là đại diện lãnh đạo các Bộ, ngành: Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Lao động-Thương binh và Xã hội, Nội vụ, Tư pháp, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài nguyên và Môi trường, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam. Mời đại diện lãnh đạo Văn phòng Trung ương Đảng, Bí thư Đảng ủy Khối doanh nghiệp Trung ương và đại diện lãnh đạo Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam làm ủy viên. Văn phòng Chính phủ là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo. Bộ máy giúp việc của Ban Chỉ đạo là Vụ Đổi mới doanh nghiệp thuộc Văn phòng Chính phủ.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ xây dựng chương trình, kế hoạch đổi mới doanh nghiệp nhà nước và phát triển doanh nghiệp đăng ký hoạt động theo Luật Doanh nghiệp trong phạm vi cả nước; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, hướng dẫn và theo dõi việc thực hiện các chương trình, kế hoạch sau khi được phê duyệt. Bên cạnh đó, Ban Chỉ đạo phối hợp với các cơ quan chức năng, tổ chức nghiên cứu các mô hình tổ chức, cơ chế, chính sách phục vụ cho việc đổi mới doanh nghiệp nhà nước và phát triển doanh nghiệp đăng ký hoạt động theo Luật Doanh nghiệp. Ban Chỉ đạo có trách nhiệm sơ kết, tổng kết, báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo định kỳ và đột xuất về tình hình đổi mới doanh nghiệp nhà nước và phát triển doanh nghiệp đăng ký hoạt động theo Luật Doanh nghiệp; theo dõi việc thí điểm chuyển các đơn vị sự nghiệp công lập thành doanh nghiệp hoạt động theo Luật Doanh nghiệp./.