Việc từ chức diễn ra sau một loạt chỉ trích việc ông Flynn có quan hệ mật thiết với chính phủ Nga. Trước khi chính thức nắm giữ vị trí Cố vấn an ninh quốc gia (ngày 20/1), ông được cho là có nói chuyện với Đại sứ Nga tại Washington, ông Sergey Kislyak, về việc tháo dỡ các lệnh trừng phạt Mỹ đang áp đặt lên Nga.
Cuộc điện đàm diễn ra vào thời điểm ngay sau khi cựu Tổng thống Obama áp đặt trừng phạt lên Moscow, liên quan việc làm ảnh hưởng kết quả bầu cử Mỹ theo hướng có lợi cho ông Trump. Nguồn tin của Reuters khẳng định, cuộc gọi nhằm kiềm chế Nga trước lệnh trừng phạt trên, cùng với lời hứa hẹn rằng quan hệ hai nước sẽ cải thiện hơn một khi ông Trump lên nắm quyền.
Ngoài ra, ông còn nói dối Phó tổng thống Mike Pence về cuộc nói chuyện này. Việc Flynn trao đổi chính sách đối ngoại với Nga, nước được coi là đối thủ của Mỹ, bị coi là vi phạm về quy trình nghiêm trọng.
Người phát ngôn Nhà Trắng Sean Spicer hôm 14/2 cho biết, Tổng thống Donald Trump đã biết vụ việc từ cuối tháng 1, trước khi ông Flynn từ chức vài tuần. Trước thông tin này, ông Adam Schiff, Đại biểu Dân chủ của Ủy ban Trinh sát Hạ viện Mỹ khẳng định, ông Trump chỉ bắt đầu có phản ứng về vụ bê bối của ông Flynn khi truyền thông làm rùm beng, chứ không thực sự quan tâm tới sự sai trái của hành vi này.
Vụ bê bối của ông Flynn một lần nữa khiến đội hình “tướng tá” dưới tay ông Trump bị nghi ngờ, sau khi có những phát ngôn không thống nhất và tin đồn lục đục nội bộ.
Các nhà làm luật Mỹ, bao gồm cả một số thành viên đảng Cộng hòa đã kêu gọi điều tra sâu hơn không chỉ về hành vi của ông Flynn mà còn về quan hệ của Nhà Trắng với Nga. Tổng thống Trump từng khẳng định muốn cải thiện quan hệ với người đồng cấp Nga Vladimir Putin.
