Theo kết luận thanh tra, ông Hùng và bà Nguyễn Thị Thúy (kế toán trưởng) bị cho là chi khống hơn 13 tỷ đồng cho cán bộ, người lao động đi học tập nước ngoài. Khi cơ quan chức năng xác minh tại Phòng quản lý xuất nhập cảnh Công an TP Hồ Chí Minh, 40 trong 70 người tham gia chuyến đi nước ngoài không có trong danh sách, số còn lại không có thông tin trên hệ thống xuất nhập cảnh.

Ngoài ra, kết luận của Thanh tra TP Hồ Chí Minh cũng chỉ ra sai phạm của Sagri về quản lý đất đai đã xảy ra từ hai nhiệm kỳ trước, song ông Hùng bị liên quan. Hội đồng kỷ luật lần đầu đưa ra hình thức kỷ luật khiển trách ông Hùng nhưng UBND TP cho rằng mức này chưa chính xác, phải xem xét lại.

Trước đó, Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra hàng loạt sai phạm của Sagri, trong đó nổi bật là sai phạm trong các hoạt động liên quan quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nước năm 2017.

3 sai phạm của Sagri được Tổng kiểm toán Nhà nước chỉ ra là: Sử dụng sai 1.900ha đất, cho thuê đất, hợp tác đầu tư chưa có ý kiến của cơ quan có thẩm quyền, đầu tư kinh doanh trên đất ngoài ngành.

Trong đó, nhiều dự án hợp đồng, liên kết với các đơn vị ngoài của Sagri bị cho là thực hiện không chặt chẽ, sai quy định... dẫn đến khả năng khó thu hồi hàng chục tỷ đồng vốn đã đầu tư, hợp tác.

UBND TP Hồ Chí Minh đã yêu cầu Thanh tra xem xét báo cáo của Kiểm toán Nhà nước để làm rõ thêm những sai phạm. TP cũng chỉ đạo Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn dưới sự điều hành của Sở Nội vụ tổ chức kiểm điểm các cá nhân liên quan để báo cáo, đề xuất kỷ luật.