Theo Quy hoạch được duyệt, vốn đầu tư xây dựng hệ thống thoát nước trong phạm vi lưu vực sông Nhuệ - Đáy đến năm 2020 cần khoảng 90.429 tỷ đồng và đến năm 2030 khoảng 108.302 tỷ đồng. Với Hà Nội, xây dựng hệ thống thoát nước mưa đô thị và các điểm dân cư nông thôn: Xây dựng mới trạm bơm Liên Mạc công suất 175m3/giây, tiêu nước cho 9.200ha; xây dựng trạm bơm Yên Nghĩa công suất 120m3/giây, tiêu nước cho 6.300ha. Về xây dựng hệ thống xử lý nước thải: Hệ thống thoát nước thải và trạm xử lý nước thải sinh hoạt Yên Xá công suất 270.000m3/ngày đêm, Phú Đô công suất 84.000m3/ngày, đêm.