Trần Khắc Hùng bị khởi tố với tội danh "Giả mạo trong công tác", quy định tại Điều 359, Bộ luật hình sự năm 2015. Chỗ ở trước khi trốn: phòng 908 nhà 24T1 Khu đô thị Trung Hòa Nhân Chính, phường Trung Hòa, quận Cầu Giấy, TP Hà Nội.
Bộ Công an cho biết: "Bất kỳ người nào cũng có quyền bắt và áp giải ngay người đang bị truy nã đến cơ quan Công an, Viện Kiểm sát hoặc Ủy ban nhân dân nơi gần nhất. Sau khi bắt hoặc tiếp nhận đối tượng truy nã phải báo ngay cho Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an (Địa chỉ: số 3 Nguyễn Gia Thiều, phường Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội; Điện thoại: 0692342431 hoặc 0692342143)"
Bộ Công an cũng kêu gọi bị can Trần Khắc Hùng ra đầu thú để được hưởng sự khoan hồng của pháp luật.
Trước đó, ngày 30/7/2019, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam, lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú, lệnh khám xét chỗ ở, nơi làm việc về tội “Giả mạo trong công tác” đối với 4 bị can.
Đó là: Dương Văn Hòa, sinh năm 1983, trú tại Khu đô thị Thanh Hà Cienco 5, xã Cự Khê, huyện Thanh Oai, thành phố Hà Nội, là Hiệu trưởng trường Đại học Đông Đô; Trần Ngọc Quang, sinh năm 1962, trú tại phường Thanh Xuân Bắc, quận Thanh Xuân, thành phố Hà Nội, là Phó Trưởng phòng Đào tạo và quản lý sinh viên trường Đại học Đông Đô; Phạm Vân Thùy, sinh năm 1981, trú tại phường Thịnh Quang, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội, là cán bộ trường Đại học Đông Đô; Lê Thị Lương, sinh năm 1996, trú tại phường Định Công, quận Hoàng Mai, thành phố Hà Nội, là cán bộ trường Đại học Đông Đô.
Ngày 1/8/2019, sau khi có quyết định phê chuẩn của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã thực hiện lệnh bắt bị can để tạm giam, lệnh khám xét chỗ ở, chỗ làm việc đối với Dương Văn Hòa và Trần Ngọc Quang; đồng thời áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú, khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Phạm Vân Thùy, Lê Thị Lương.