Theo bản án sơ thẩm, trước tình hình dịch Covid-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân ở nước ngoài về nước. Chính phủ giao Văn phòng Chính phủ có nhiệm vụ tập hợp tham mưu, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt kế hoạch tổ chức các chuyến bay theo đề xuất của Bộ Ngoại giao.
Bộ Ngoại giao (thông qua Cục Lãnh sự) có nhiệm vụ xây dựng, đề xuất kế hoạch tổ chức các chuyến bay combo. Chủ trì và xin ý kiến, trao đổi thống nhất với các Bộ trong Tổ công tác và báo cáo, trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt, quyết định, thông báo việc thực hiện chuyến bay. Bốn Bộ còn ( Bộ Y tế, Bộ Giao thông Vận tải, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an) theo chức năng, nhiệm vụ về công tác phòng, chống dịch cho ý kiến việc phê duyệt gửi Bộ Ngoại giao, UBND một số tỉnh, TP được giao nhiệm vụ cho chủ trương cách ly tại địa phương.
Thực hiện chủ trương trên, trong quá trình cấp phép các chuyến bay, phê duyệt cách ly tại địa phương và giải quyết vụ án, từ tháng 9/2020 - 12/2022, một số cá nhân thuộc các Bộ, ngành được giao nhiệm vụ cấp phép chuyến bay, cách ly ở địa phương và một số cá nhân đại diện doanh nghiệp, cùng một số đối tượng khác đã thực hiện hành vi vi phạm pháp luật.
Trong đó, có 25 bị cáo đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, nhiệm vụ được giao để nhận hối lộ tổng cộng gần 165 tỷ đồng và lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, gây thiệt hại hơn 10 tỷ đồng. 23 cá nhân là đại diện các doanh nghiệp đã đưa hối lộ hơn 226 tỷ đồng, 4 cá nhân môi giới hối lộ hơn 74 tỷ đồng và lừa đảo chiếm đoạt số tiền gần 25 tỷ đồng.
Theo đó, HĐXX xác định, bị cáo Phạm Trung Kiên nhận hối lộ hơn 42,6 tỷ đồng, Vũ Anh Tuấn nhận 27,3 tỷ đồng, Nguyễn Thị Hương Lan nhận 25 tỷ đồng, Tô Anh Dũng nhận hối lộ 21,5 tỷ đồng…
Từ những nhận định trên, HĐXX đã tuyên phạt mức án cao nhất là tù chung thân về tội “Nhận hối lộ” đối với 3 bị cáo: Nguyễn Thị Hương Lan - cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự (Bộ Ngoại giao); Phạm Trung Kiên - cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế và Vũ Anh Tuấn - cựu cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an). Bị cáo Hoàng Văn Hưng - cựu Trưởng phòng 5 (Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an) cũng bị tuyên phạt tù chung thân về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản".
Cùng bị kết án về tội “Nhận hối hộ”, cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng bị tuyên phạt 16 năm tù; Đỗ Hoàng Tùng - cựu Phó Cục trưởng Cục Lãnh sự (Bộ Ngoại giao) 12 năm tù; Nguyễn Quang Linh - cựu Trợ lý Phó Thủ tướng và Trần Văn Dự - cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an) cùng bị phạt 7 năm tù; Trần Văn Tân - cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam và Nguyễn Thanh Hải - cựu Vụ trưởng Vụ Quan hệ Quốc tế (Văn phòng Chính phủ) cùng bị tuyên 6 năm tù…
Trong nhóm bị cáo bị xét xử về tội “Đưa hối lộ", bị cáo Nguyễn Thị Thanh Hằng - Phó Tổng Giám đốc Công ty Blue Sky bị tuyên phạt 11 năm tù; Lê Hồng Sơn - Tổng Giám đốc Công ty Blue Sky 10 năm tù; Hoàng Diệu Mơ - Tổng Giám đốc Công ty TNHH thương mại du lịch dịch vụ Hàng không An Bình và Nguyễn Tiến Mạnh - Phó Giám đốc Công ty CP thương mại du lịch Lữ hành Việt cùng bị phạt 7 năm tù… Cựu Phó Giám đốc Công an TP Hà Nội Nguyễn Anh Tuấn bị phạt 5 năm tù về tội “Môi giới hối lộ”…