Nhưng để có được cái viễn cảnh như mong muốn ấy, Vilanova đã phải trải qua những thời khắc thực sự khó khăn. Ông từng 2 lần bị đề nghị rời ghế "thuyền trưởng" Barca.
Theo tiết lộ từ tờ Sports, ngay vào dịp lễ Giáng sinh, Vilanova bất ngờ phải nhập viện vì tái phát bệnh ung thư tuyến nước bọt. Nội bộ Barcelona nháo nhào. Một cuộc họp khẩn cấp diễn ra. Đa số ý kiến đều cho rằng, nên cắt hợp đồng với Vilanova và tìm kiếm một người mới thay thế.
Với một đội bóng nhiều sao và phải cạnh tranh ở nhiều mặt trận như Barcelona, không HLV trưởng trên băng ghế huấn luyện chẳng khác nào rắn mất đầu. Mọi sự dễ đổ vỡ và khi ấy chỉ còn biết than trời.
Nhưng Chủ tịch Rosell của Barca đã phủ quyết ý kiến ấy. Ông thuyết phục mọi người cho Vilanova thêm cơ hội. Suýt chút nữa Rosell đã phải ôm hận vì cái quyết định của mình. Vilanova vắng mặt, trợ lý Jordi Roura tạm thời thay thế, Barcelona chơi chệch choạch, thua liểng xiểng trước Real Madrid rồi chật vật tại Champions League.
May mắn là ở giai đoạn cuối, Vilanova trở lại, mọi việc tạm hạnh thông. Barcelona dù thua tức tưởi ở Champions League trước Bayern Munich (0-7), nhưng việc kết thúc La Liga với 100 điểm, đòi lại ngôi vua từ Real Madrid, giúp những chỉ trích nhắm vào Vilanova và các thành viên đội bóng giảm đi rất nhiều.
Tuy nhiên, mọi việc chưa kết thúc. Khi mùa giải khép lại, Vilanova lại một lần nữa bị đề nghị ra đi. Khi ấy, một vài tờ báo Tây Ban Nha đã bóng gió rằng, Barcelona đang liên hệ với Luis Enrique và Andre Villas-Boas như một sự thay thế. Song một lần nữa, Rosell lại đứng ra bảo vệ Vilanova.
Vilanova sẽ tiếp tục công việc của mình mùa tới, với các mục tiêu chính: bảo vệ ngôi vua La Liga và thắng tại Champions League. Chẳng hề dễ dàng gì, nhất là khi tiki-taka đã bị bắt bài, còn đội hình Barcelona có sự chênh lệch lớn giữa công và thủ. Giữ ghế nhưng như thế không có nghĩa Vilanova có quyền lạc quan về tương lai.