3 cán bộ bị khởi tố gồm: Nguyễn Đức Kiên, Nguyễn Văn Thắng (cán bộ quản giáo) và Nguyễn Thái Hoàng - cảnh sát bảo vệ thuộc Trại tạm giam T16. Trước khi bị Viện KSND tối cao khởi tố, 3 cán bộ trên đã bị Bộ Công an tước quân tịch. Cả 3 là nguyên cán bộ thuộc Trại giam T16 (Bộ Công an) về hành vi "Thiếu trách nhiệm để người bị giam trốn" theo Điều 301 Bộ luật Hình sự.
Trước đó, đêm mùng 10, rạng sáng 11/9, 2 tử tù Lê Văn Thọ (tức Thọ “sứt”, SN 1980, trú tại Thanh Sơn, Thanh Hà, Hải Dương) và Nguyễn Văn Tình (SN 1989, trú tại Đông Xuân, Quốc Oai, Hà Nội) đã lợi dụng sơ hở, trốn thoát khỏi Trại tạm giam T16 Bộ Công an.
Sau khi vụ việc xảy ra, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an TP Hà Nội đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Lê Văn Thọ, Nguyễn Văn Tình về tội “Trốn khỏi nơi giam, giữ” theo Điều 311 Bộ luật Hình sự; đồng thời ra Quyết định truy nã đặc biệt nguy hiểm trên phạm vi toàn quốc đối với 2 tử tù này.
Cơ quan điều tra - Viện KSND Tối cao đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự để điều tra hành vi thiếu trách nhiệm dẫn đến việc 2 tử tù bỏ trốn khỏi Trại tạm giam T16 Bộ Công an. Bước đầu, cơ quan điều tra xác định, một số cán bộ quản giáo, chiến sĩ thuộc Trại tạm giam T16 - Bộ Công an đã thiếu trách nhiệm trong quá trình quản lý, giám sát, canh gác phạm nhân, để cho 2 tử tù trên trốn thoát.
Đến chiều 16/9, Lê Văn Thọ bị bắt tại phố Hóp, xã Nam Hồng, Nam Sách, Hải Dương. Không lâu sau đó, rạng sáng 17/9, Tình bị bắt ở huyện Mai Châu, Hòa Bình - kết thúc gần 1 tuần đào tẩu khỏi trạm giam.
Tử tù Nguyễn Văn Tình có 1 tiền án về tội “Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”. Tháng 4/2017, Tình bị TAND TP Hà Nội tuyên án tử hình trong một vụ án buôn bán ma túy. Đối với Lê Văn Thọ, tháng 5/2017, Thọ bị TAND tỉnh Hà Nam tuyên phạt 20 năm tù về tội “Giết người”, 10 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, tử hình về tội “Mua bán trái phép chất ma túy”. Tổng hợp hình phạt, Lê Văn Thọ phải chịu án tử hình.
