Dự án sẽ xây dựng một trung tâm điều hành quốc gia đặt tại Hà Nội và 3 trung tâm điều hành khu vực đặt tại Hà Nội, Đà Nẵng và TP Hồ Chí Minh. Theo đó, trang bị 158 trạm làm việc tại các đơn vị chuyên môn có liên quan trực tiếp đến điều hành chạy tàu cũng như trang thiết bị hệ thống thông tin để cung cấp thông tin thời gian thực tới khách tại 8 ga: Hà Nội, Vinh, Đồng Hới, Huế, Đà Nẵng, Diêu Trì, Nha Trang, Sài Gòn.