Các bị cáo bị truy tố về các tội “Buôn lậu,” “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản," "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.”
Theo cáo trạng, lợi dụng chính sách thông thoáng của Nhà nước trong việc quản lý hàng xuất khẩu, khuyến khích xuất khẩu cũng như hoàn thuế giá trị gia tăng cho các doanh nghiệp, Trần Thị Bích Tuyền (Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Đại Đắc Tài và Lâm Tuấn Phát) tìm cách móc nối với Lê Dũng (Giám đốc Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn), Hứa Châu (Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại một thành viên Lâm Kim Ngọc) thỏa thuận ký các hợp đồng mua bán giả, xuất hóa đơn giá trị gia tăng ghi khống nội dung là mặt hàng thuốc lá có giá trị cao cho Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn.
Sau đó, Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn ký hợp đồng bán khống sang hai công ty tại Campuchia để làm thủ tục xuất khẩu nhưng hàng hóa thực xuất là mặt hàng rẻ tiền hoặc không có giá trị kinh tế. Từ đó, phía công ty của Lê Dũng sẽ làm thủ tục xin hoàn thuế giá trị gia tăng, chiếm đoạt hơn 80 tỷ đồng của Nhà nước, chia nhau hưởng lợi cá nhân.
28 bị cáo nguyên là cán bộ Hải quan đã ký duyệt các tờ khai, kiểm hóa hàng hóa xuất khẩu nhưng không mở container và từng kiện hàng kiểm tra xem hàng hóa thực chất bên trong, chỉ xem bên ngoài, ký xác nhận đã kiểm tra hàng hóa xuất khẩu; ký khống tờ khai hải quan cho Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn để được hưởng lợi.
Trước đó vào ngày 8/6, Tòa án nhân dân TP Hồ Chí Minh đã đưa vụ án ra xét xử sơ thẩm; tuy nhiên sau gần 20 ngày xét xử, Hội đồng xét xử đã quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung, do có nhiều tình tiết mới phát sinh.
Cụ thể, trong phần xét hỏi tại tòa, một số bị cáo là cán bộ Hải quan An Giang khai rằng vào thời điểm xảy ra vụ án, Hải quan chỉ quản lý đối với các mặt hàng nhập khẩu, còn xuất khẩu thuốc lá cần phải có giấy phép của Bộ Công Thương.
Vì cách nhận thức và cách hiểu khác nhau giữa cáo trạng và của Hải quan về nội dung các công văn hướng dẫn nên Hội đồng xét xử đã triệu tập đại diện Bộ Công Thương yêu cầu giải thích về các văn bản quy định về điều kiện sản xuất, kinh doanh, xuất khẩu thuốc lá.
Giải thích về các quy định này, đại diện Bộ Công Thương cho biết hoạt động xuất khẩu sản phẩm thuốc lá thực hiện theo quy định của Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/1/2006. Nghị định này quy định mặt hàng thuốc lá điếu không thuộc danh mục hàng hóa xuất khẩu theo giấy phép nên pháp nhân có nhu cầu xuất khẩu sản phẩm thuốc lá chỉ cần làm thủ tục xuất khẩu tại cơ quan Hải quan.
Sau đó, Nghị định 187/2013/NĐ-CP ngày 20/11/2013 (thay thế cho Nghị định 12/2006/NĐ-CP) quy định thương nhân muốn xuất khẩu sản phẩm thuốc lá phải có giấy phép bán buôn sản phẩm thuốc lá để làm thủ tục xuất khẩu tại chi cục Hải quan cửa khẩu.
Như vậy, căn cứ vào phần trả lời của đại diện Bộ Công Thương tại tòa thì vào thời điểm xảy ra vụ việc buôn lậu thuốc lá (năm 2011) của Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn thì Nghị định 187 chưa có hiệu lực pháp luật.
Sau khi điều tra bổ sung, Cơ quan điều tra đã tách ba bị cáo gồm Lê Hà (công chức Hải quan khu vực 4 Thành phố Hồ Chí Minh), Trịnh Trần Thùy Trang và Nguyễn Thanh Long (công chức Hải quan ở cửa khẩu Khánh Bình, An Giang) để tiếp tục điều tra. Tại phiên tòa ngày 12/10 này, ba bị cáo trên hầu tòa với vai trò là người có nghĩa vụ liên quan.
Dự kiến phiên tòa kết thúc vào ngày 11/11.