Theo Cục Hàng không Việt Nam, trong 2 ngày 27 và 28/10 do ảnh hưởng của bão số 9 đã có gần 130 lượt chuyến bay đi/đến khu vực miền Trung, Tây nguyên bị ảnh hưởng. Các Cảng hàng không đã chủ động phối hợp với các hãng hàng không thông báo, hỗ trợ hành khách bị ảnh hưởng và bố trí phục vụ bay bù vào ngày 29/10/2020.
Do ảnh hưởng của bão số 9 nên các sân bay Tuy Hòa, Phù Cát, Chu Lai, Đà Nẵng, Phú Bài đã dừng khai thác từ 18h ngày 27/10. Cảng hàng không Pleiku từ 21h ngày 27/10. Các cảng hàng không nằm trong vùng ảnh hưởng của cơn bão đã chủ động triển khai các biện pháp ứng phó, phòng chống cơn bão, bảo đảm tuyệt đối an ninh, an toàn hàng không, bảo đảm an toàn về người, hạn chế thấp nhất hư hại về tài sản.
Sau khi bão số 9 đi qua, các sân bay bắt đầu hoạt động trở lại. Cục Hàng không Việt Nam cho biết, tính đến 6h sáng 29/10, hầu hết các sân bay ở khu vực miền Trung và Tây Nguyên phải tạm dừng hoạt động vì ảnh hưởng của cơn bão số 9 đều đã khai thác trở lạigồm Cảng hàng không Pleiku, Phù Cát, Tuy Hòa, Phú Bài, Đà Nẵng. Riêng Cảng hàng không Chu Lai, do bị ảnh hưởng nặng nề, đã phải kéo dài thời hạn đóng cửa khai thác thêm 48 giờ, dự kiến sẽ khai thác trở lại vào 16h ngày 30/10.