Tuy nhiên, mối nguy đe dọa ngành chăn nuôi lợn không dừng ở đó, khi lĩnh vực này còn chịu ảnh hưởng của hai dịch bệnh: Lở mồm long móng (LMLM) và Tai xanh.
Theo thống kê của Bộ NN&PTNT, từ năm 2008 đến 2011, số xã có dịch LMLM trung bình hằng năm là khoảng 300 xã. Số lượng gia súc mắc bệnh và bị tiêu hủy lên tới hàng chục nghìn con. Giai đoạn từ năm 2012 đến nay, trung bình mỗi năm chỉ còn dưới 100 xã có dịch LMLM, với số lượng gia súc bị mắc bệnh là dưới 5.000 con/năm.
So với giai đoạn 10 năm trước (năm 2008), tổng số ổ dịch LMLM trong giai đoạn 2008 - 2019 đã giảm trên 50%. Số huyện và tỉnh có dịch cũng đã giảm đi rõ rệt. Số lượng gia súc bị bệnh, chết vì bệnh đã giảm hàng chục nghìn con.
Đánh giá của Bộ NN&PTNT cho thấy, các ổ dịch LMLM trong giai đoạn 2008 - 2019 chủ yếu xảy ra trên đàn gia súc chưa được tiêm phòng vaccine LMLM. Do virus LMLM lưu hành rộng rãi cùng với việc buôn bán, vận chuyển gia súc giữa Việt Nam và các nước láng giềng diễn ra phức tạp, nên trong năm 2020 và giai đoạn tới, dịch LMLM được dự báo vẫn sẽ tiếp tục xảy ra, dù quy mô dịch sẽ được thu hẹp so với giai đoạn trước đây.
Cùng với dịch LMLM, chăn nuôi lợn trong nước cũng chịu ảnh hưởng nặng nề của dịch Tai xanh. Đây là dịch bệnh xuất hiện lần đầu tiên tại Việt Nam vào năm 2007, làm hàng chục nghìn con lợn mắc bệnh và bị tiêu hủy.
Từ năm 2008, Việt Nam đã sử dụng vaccine và thực hiện có hiệu quả các biện pháp phòng, chống dịch bệnh. Kết quả là từ năm 2014 đến nay, dịch Tai xanh vẫn xuất hiện, nhưng chỉ rải rác ở số ít hộ chăn nuôi lợn nhỏ lẻ tại một vài địa phương.
So với dịch LMLM, bệnh Tai xanh có chiều hướng được kiểm soát tốt hơn nhiều. Việc sử dụng vaccine phòng bệnh Tai xanh có hiệu quả, không để dịch xảy ra trên diện rộng. Tuy nhiên, Bộ NN&PTNT cho rằng, virus gây dịch bệnh Tai xanh vẫn tồn tại trong quần thể lợn. Do đó trong năm 2020 và giai đoạn tới, vẫn sẽ xuất hiện các ổ dịch nhỏ lẻ trên địa bàn có ổ dịch cũ và khu vực có nguy cơ cao.
