Theo đó, chủ dự án các công trình xây dựng, bảo trì, cải tạo, nâng cấp kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa có trách nhiệm tổ chức lập báo cáo đánh giá tác động môi trường hoặc kế hoạch bảo vệ môi trường trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt hoặc xác nhận theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường. Chủ dự án phải đưa biện pháp xử lý chất thải, giảm thiểu tác động xấu đến môi trường trong báo cáo đánh giá tác động môi trường hoặc kế hoạch bảo vệ môi trường đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt hoặc xác nhận vào thiết kế cơ sở, thiết kế kỹ thuật và hồ sơ mời thầu, hợp đồng với các nhà thầu thi công xây dựng của dự án. Nhà thầu thi công xây dựng phải tuân thủ các quy định của pháp luật bảo vệ môi trường, những tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật môi trường và đáp ứng đầy đủ yêu cầu về bảo vệ môi trường trong hợp đồng đã ký với chủ dự án.

Người quản lý khai thác cảng, bến thủy nội địa có trách nhiệm xây dựng và thực hiện kế hoạch ứng phó sự cố tràn dầu theo quy định đối với cảng thủy nội địa và bến thủy nội địa kinh doanh xăng dầu; bố trí nhân sự quản lý, thực hiện công tác bảo vệ môi trường cảng, bến; thu gom, xử lý nước thải phát sinh trong quá trình hoạt động của cảng, bến bảo đảm quy chuẩn kỹ thuật môi trường. Quan trắc định kỳ nước thải trước và sau khi xử lý theo yêu cầu trong hồ sơ được duyệt; lưu giữ số liệu quan trắc để phục vụ kiểm tra hoạt động của hệ thống xử lý nước thải; thu gom, phân loại, lưu giữ các loại chất thải rắn, chất thải nguy hại phát sinh trong quá trình hoạt động của cảng, bến để xử lý hoặc thuê tổ chức có chức năng xử lý chất thải tiếp nhận, vận chuyển và xử lý theo quy định.

Nghị định cũng quy định về vấn đề bảo vệ môi trường trong hoạt động đóng mới, sửa chữa, hoán cải, phục hồi và phá dỡ phương tiện; bảo vệ môi trường đối với phương tiện, tàu biển, thủy phi cơ, phương tiện thủy nước ngoài hoạt động trên đường thủy nội địa.