Xây dựng Chính phủ điện tử gắn với cải cách hành chính và đổi mới công tác kiểm tra chuyên ngành của Bộ là việc khó khăn, không thể một lúc làm được tất cả các nhiệm vụ, chính vì thế, năm 2018 Bộ NN&PTNT xác định phải có lộ trình thực hiện và trong mỗi thời điểm.
Qua rà soát, Bộ đã trình với Chính phủ ban hành Nghị định 123/2018/NĐ-CP, sửa và giảm 131/170 điều kiện kinh doanh; số điều kiện còn lại sửa và giảm trong Luật Lâm nghiệp, Luật Thủy sản đã ban hành (có hiệu lực từ 1/1/2019) và các nghị định tới đây ban hành của 2 luật này tiếp tục được cắt giảm. Theo tính toán, tổng số điều kiện cụ thể sẽ giảm 69%.
Bộ cũng tích cực giảm danh mục hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành trước khi thông quan xuất nhập khẩu. Đầu năm 2017, Bộ đã thực hiện rà soát, đề xuất cắt giảm, đơn giản hóa hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành trên cơ sở hàng hóa được gắn mã hàng hóa thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ là 7.698 dòng hàng quy định tại Thông tư số 24/2017/TT-BNNPTNT. Thực hiện nhiệm vụ Chính phủ giao, Bộ tiếp tục thực hiện rà soát, cắt giảm hàng hóa thuộc diện kiểm tra chuyên ngành.
Ngày 30/10/2018, Bộ đã ban hành Thông tư số 15/2018/TT-BNNPTNT bao gồm 2 danh mục: danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu gắn mã hàng hóa là 2.873 dòng hàng; danh mục hàng hóa nhập khẩu phải kiểm tra chuyên ngành trước thông quan kèm mã hàng hóa là 1.800 dòng hàng (tỷ lệ cắt giảm trên 76%). Điều này đã góp phần giảm thời gian, chi phí cho doanh nghiệp và tạo môi trường thuận lợi, thông thoáng cho sản xuất, kinh doanh phát triển.
Bên cạnh đó, thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và Ủy ban chỉ đạo quốc gia về Cơ chế một cửa quốc gia, Cơ chế một cửa ASEAN và tạo thuận lợi thương mại, trong năm 2017, Bộ NN& PTNT đã xây dựng, cung cấp dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 đối với 18 thủ tục hành chính tại 5 đơn vị của Bộ. Theo kế hoạch năm 2018, Bộ sẽ hoàn thành triển khai 10 thủ tục hành chính mới. Với việc triển khai 28 thủ tục hành chính qua Cổng một cửa quốc gia thì 95% các hồ sơ xuất nhập khẩu được xử lý qua cấp phép điện tử.
Theo Bộ trưởng Bộ NN&PTNT Nguyễn Xuân Cường, ở Việt Nam, yêu cầu cải cách hành chính càng làm vấn đề xây dựng Chính phủ điện tử trở nên cấp thiết. Đẩy nhanh quá trình xây dựng Chính phủ điện tử để hướng tới một nền hành chính hiện đại, nâng cao hiệu quả hoạt động của cơ quan hành chính nhà nước, được xác định là một trong những nhiệm vụ trọng tâm trong chỉ đạo, điều hành của Chính phủ.
Chính vì thế, Bộ NN&PTNT xác định quan điểm xây dựng Chính phủ điện tử theo hướng đổi mới phương thức phục vụ, lấy người dân, doanh nghiệp làm trung tâm; gắn kết chặt chẽ, đồng bộ giữa cải cách hành chính, đổi mới lề lối phương thức làm việc với ứng dụng công nghệ thông tin, xác định ứng dụng công nghệ thông tin là công cụ hữu hiệu hỗ trợ, thúc đẩy cải cách thủ tục hành chính và lấy sự hài lòng của cá nhân, tổ chức là thước đo trong phát triển Chính phủ điện tử tại Bộ.
Tính từ đầu năm đến ngày 31/10/2018, kết quả tiếp nhận xử lý giải quyết hồ sơ cấp phép điện tử qua Cổng một cửa quốc gia tổng số 239.671 hồ sơ; xử lý, giải quyết và cấp phép/Giấy chứng nhận điện tử 216.375 hồ sơ; đang tiếp tục xử lý 23.296 hồ sơ. Chỉ tính 10 tháng năm 2018, số lượng hồ sơ điện tử các đơn vị thuộc Bộ tiếp nhận qua Cổng một cửa quốc gia nhiều hơn cả năm 2017 là 17.979 hồ sơ (tăng 8,1%); mặc dù tiếp nhận số lượng hồ sơ tăng nhiều so với cùng kỳ năm trước nhưng việc xử lý, giải quyết cấp phép/Giấy chứng nhận điện tử vẫn được đảm bảo kịp thời đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Hiện nay một số đơn vị như Cục Chăn nuôi, Chi cục Thú y Vùng II, Trạm kiểm dịch thực vật Nội Bài… đạt trên 98% hồ sơ cấp phép điện tử.
Những kết quả trên đã giúp Bộ NN&PTNT có sự bứt phá lớn trên bảng xếp hạng chỉ số cải cách hành chính (PAR INDEX) và Chỉ số hài lòng về sự phục vụ hành chính. Từ vị trí thứ 17, Bộ NN&PTNT hiện xếp thứ 7 (82.40 điểm) trong tổng số 19 Bộ và cơ quan ngang bộ trong lĩnh vực này.