Môn bóng đá nam ở SEA Games 32 sẽ có 10 đội bóng tham dự (Brunei không đăng ký) là Việt Nam, Campuchia, Thái Lan, Indonesia, Malaysia, Myanmar, Singapore, Timor Leste, Philippines và Lào. Theo thể thức thi đấu, 10 đội bóng được chia vào hai bảng đấu, mỗi bảng 5 đội. Hai đội nhất nhì mỗi bảng sẽ lọt vào vòng bán kết SEA Games.
Theo kết quả phân định hạt giống của nước chủ nhà, U22 Việt Nam đang là nhà ĐKVĐ khi giành HCV tại SEA Games 31 và được xếp ở nhóm hạt giống số một cùng với chủ nhà U22 Campuchia. Với kết quả phân định nhóm hạt giống như vậy, U22 Việt Nam có thể rơi vào bảng tử thần khi gặp U22 Thái Lan ngay ở vòng bảng khi Á quân SEA Games 31 cùng nhóm hạt giống số 2 với U22 Indonesia.
Trong khi đó, ở nhóm hạt giống thứ 3 gồm có U22 Myanamr và U22 Malaysia. Đáng chú ý, Ban Tổ chức nước chủ nhà đã gộp 4 đội còn lại gồm: U22 Singapore, U22 Timor Leste, U22 Philippines và U22 Lào thay vì tách như trước đây. Việc phân loại hạt giống bốc thăm môn bóng đá nam theo cách chủ nhà nhiều khả năng sẽ xuất hiện bảng "tử thần", bởi những lá thăm may rủi có thể đưa U22 Lào và U22 Timor Leste vào chung bảng đấu, U22 Singapore và U22 Philippines sẽ là thách thức không nhỏ đối với các đội bóng còn lại trong bảng đấu.
Trong khi đó, ở môn bóng đá nữ chỉ có 9 đội tham dự là Campuchia, Indonesia, Lào, Malaysia, Myanmar, Philippines, Singapore, Thái Lan và Việt Nam. Brunei và Timor Leste không đăng ký tranh tài ở môn bóng đá nữ. Điều đó dẫn tới việc sẽ có một bảng 4 đội và một bảng 5 đội.
Lễ bốc thăm chia bảng môn bóng đá tại sân vận động quốc gia Morodok Techo (Phnom Penh) diễn ra vào lúc 15 giờ ngày 5/4.
Các nhóm hạt giống như sau:
Nhóm 1: Việt Nam, Campuchia.
Nhóm 2: Indonesia, Thái Lan.
Nhóm 3: Myanmar, Malaysia.
Nhóm 4: Singapore, Lào, Philippines, Timor Leste.
