Ông Phạm Văn Thông đã có những khuyết điểm, vi phạm: Được phân công giúp Chánh Văn phòng Thành ủy TP Hồ Chí Minh chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ đại diện chủ sở hữu các DN của Đảng bộ TP, ông Thông đã thiếu trách nhiệm trong thực hiện nhiệm vụ được giao; vi phạm quy chế làm việc, quy định của Thành ủy về quản lý, sử dụng tài sản tại DN thuộc sở hữu của Đảng bộ TP và vi phạm các quy định của pháp luật về quản lý đất đai, kinh doanh bất động sản, quản lý DN trong việc tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho Công ty TNHH một thành viên Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận thực hiện hợp tác kinh doanh, chuyển nhượng phần đất đã đền bù tại Dự án Khu dân cư Phước Kiển, xã Phước Kiển, huyện Nhà Bè.
Ký chấp thuận chủ trương cho Công ty TNHH một thành viên Đầu tư và Xây dựng Tân Thuận thực hiện hợp tác kinh doanh, chuyển nhượng dự án, chuyển nhượng 45% vốn góp là giá trị quyền sử dụng đất tại Dự án Khu dân cư ven sông, phường Tân Phong, quận 7.
Tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho Công ty TNHH một thành viên Xây dựng và Kinh doanh nhà Phú Nhuận hợp tác đầu tư, chuyển nhượng Dự án Khu nhà ở phường An Phú, quận 2. Tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho nhóm người đại diện vốn của Thành ủy biểu quyết việc huy động vốn thông qua phát hành cổ phần để tăng vốn điều lệ tại Công ty Cổ phần Phát triển Nam Sài Gòn không đúng quy định.Vi phạm của ông Phạm Văn Thông là rất nghiêm trọng, gây dư luận bức xúc trong xã hội, làm ảnh hưởng đến uy tín của Thành ủy TP Hồ Chí Minh và cá nhân ông Phạm Văn Thông.
