Cụ thể đối với 20 trạm thu phí đã xóa cần khoảng 668 tỷ đồng để trả nợ. Tổng cục Đường bộ cũng đề nghị bổ sung vốn điều lệ còn thiếu, khoảng hơn 436 tỷ đồng, cho Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long tại trạm Trung Lương. Hơn 60 tỷ đồng để giải quyết nguồn kinh phí trợ cấp mất việc làm cho 837/981 lao động phải nghỉ việc và kinh phí in vé tồn và tháo dỡ trạm thu phí.
Đối với các trạm chuyển giao quyền thu phí và các trạm hoàn vốn BOT, cần khoảng 1.200 tỷ đồng để mua lại. Cụ thể, trạm thu phí Hoàng Mai, Bàn Thạch, Bãi Cháy, kinh phí mua lại là 437 tỷ đồng. Trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài nếu mua lại, kinh phí dự kiến là 743,5 tỷ đồng.
