Qua giám sát cho thấy, trước khi hợp nhất, đến tháng 3/2016, Quỹ Đầu tư phát triển và Quỹ phát triển đất đều có văn bản báo cáo UBND TP kết quả thực hiện kết luận của kiểm toán. Quỹ Đầu tư có văn bản số 154/CV-QĐTPT báo cáo thực hiện kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước và Quỹ Phát triển đất có văn bản số 86A/QPTĐ-KT báo cáo kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán ngân sách địa phương năm 2014 của TP Hà Nội.
Sau khi hợp nhất đến nay, ngoài việc ổn định tổ chức bộ máy, Quỹ triển khai các công việc theo chức năng, nhiệm vụ được giao, tiếp tục rà soát thực hiện các kiến nghị của kiểm toán. Cụ thể, đến tháng 6/2017, Quỹ Đầu tư đã ban hành quy trình tạm thời kiểm soát thanh toán, ứng vốn và thu hồi ứng thuộc nguồn vốn ngân sách TP ủy thác cho các dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật tái định cư, nhà ở tái định cư. Giải phóng mặt bằng (GPMB) và xây dựng hạ tầng kỹ thuật (HTKT) phục vụ đấu giá quỹ sử dụng đất… và quy trình cho vay tạm thời để triển khai thực hiện.
Về công tác thu hồi vốn tạm ứng của Quỹ Đầu tư sau hợp nhất, đến nay đã thu hồi được 596.198.000 đồng. Trong đó thuộc kế hoạch thu hồi vốn năm 2017 là 457.193.000 đồng. Trong quá trình rà soát, vẫn còn tồn tại số dư tạm ứng của một số dự án chưa thu hồi được chủ yếu do tiền đền bù GPMB do các hộ dân không chịu nhận tiền. Theo báo cáo của Chủ đầu tư số tiền này đã được gửi vào Tài khoản tiền gửi tại Kho bạc Nhà nước.
Đại diện của Quỹ Đầu tư Phát triển TP cho biết: Việc hợp nhất 3 Quỹ (Quỹ Đầu tư phát triển, Quỹ phát triển Đất, Quỹ Bảo vệ môi trường) là một chủ trương lớn của UBND TP trong việc tránh tình trạng chồng chéo chức năng, nhiệm vụ giữa các Quỹ với nhau. Tuy nhiên, mô hình hoạt động, cơ chế tài chính của 3 Quỹ này không đồng nhất nên vẫn còn gặp một số vướng mắc nhất định. Do vậy nhiệm vụ trọng tâm của Quỹ trong năm 2017 là ổn định tổ chức bộ máy hoạt động, phối hợp với các sở ngành liên quan tham mưu, đề xuất với UBND mô hình hoạt động đảm bảo thực hiện được các nhiệm vụ của cả 3 Quỹ.
Thay mặt đoàn giám sát, Trưởng ban KTNS Phạm Thị Thanh Mai đánh giá việc thực hiện công tác kiểm toán sau và trước hợp nhất của Quỹ Đầu tư Phát triển TP Hà Nội được thực hiện nghiêm túc, có báo cáo và chấp hành báo cáo của kiểm toán. Điều đó được khẳng định qua các báo cáo thường niên của Quỹ và của Sở Tài chính với UBND TP.
Về cơ chế tiền lương tiền thưởng, Quỹ Đầu tư Phát triển TP đang tích cực phối hợp với Sở Lao động - TBXH, Tài chính, KH&ĐT để xây dưng Quy chế trả lương và xây dựng thang bảng lương, tờ trình xếp hạng doanh nghiệp trong năm 2017. Trưởng ban KTNS đề nghị kiểm toán ghi nhận và kiến nghị với kiểm toán Nhà nước, với các Bộ cũng như Chính phủ. Mặt khác, đề nghị Sở Tài chính có hướng xử lý sớm trong năm nay về công tác này.
Đồng thời, Trưởng ban KTNS Phạm Thị Thanh Mai yêu cầu Quỹ Đầu tư Phát triển TP Hà Nội tăng cường rà soát kiểm tra thẩm định, kiểm soát nội bộ. Tăng cường công tác thu hồi và công tác quyết toán. “Đề nghị Quỹ cung cấp danh sách cụ thể các chủ đầu tư đã quá hạn trong công tác quyết toán ảnh hưởng đến nhiệm vụ của Quỹ và đề xuất biện pháp xử lý”, bà Thanh Mai nhấn mạnh. Cùng với đó, quan tâm nâng cao hiệu quả và có cơ chế sử dụng vốn hài hòa.