Việc đánh giá, phân loại mức độ hoàn thành nhiệm vụ trong công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả của các bộ, ngành và UBND các tỉnh, TP trực thuộc trung ương dựa trên các tiêu chí như: Xây dựng và triển khai thực hiện kế hoạch, công tác năm của các bộ, ngành, UBND các tỉnh, TP trực thuộc trung ương; triển khai các chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Ban Chỉ đạo 389 quốc gia về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; thực hiện chỉ đạo về các vụ việc bắt giữ, điều tra, xử lý vi phạm;... Với mỗi tiêu chí đều có thang điểm chuẩn, điểm trừ. Tổng điểm chuẩn của các tiêu chí là 100.

Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo 389 quốc gia xếp loại các bộ, ngành, UBND các tỉnh, TP trực thuộc trung ương theo 4 mức: Loại A (hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ) đạt từ 91 - 100 điểm; loại B (hoàn thành tốt nhiệm vụ); đạt từ 71 - 90 điểm; loại C (hoàn thành nhiệm vụ) đạt từ 51 - 70 điểm; loại D (không hoàn thành nhiệm vụ) đạt dưới 50 điểm.

Thời gian đánh giá kết quả công tác để chấm điểm từ ngày 16/11 của năm trước đến ngày 16/11 của năm báo cáo.