Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, bị cáo Nguyễn Minh Quân chiếm đoạt hơn 103,6 tỷ đồng, còn tổng thiệt hại của 27 gói thầu trong vụ án này trên 81,2 tỷ đồng. Nhằm che giấu 103,6 tỷ đồng đã chiếm đoạt thông qua đấu thầu trái luật tại Bệnh viện TP Thủ Đức, Quân chỉ đạo người làm thuê là Nguyễn Văn Lợi (SN 1986, Giám đốc Công ty TNHH TMDV-SX Nguyễn Tâm) mở tài khoản tại ngân hàng mang tên Lợi nhưng đăng ký số điện thoại của Quân để nhận tiền từ các công ty “sân sau” do Lợi quản lý trúng thầu. Chuyển tiền từ tài khoản các công ty trúng thầu sang tài khoản Công ty TNHH Ngọc Đạo do vợ Quân là Nguyễn Trần Ngọc Diễm làm Giám đốc.
Cụ thể vào tháng 9/2017, Lợi đã thanh toán tổng số tiền hơn 60,4 tỷ đồng để mua cho vợ chồng Nguyễn Minh Quân căn biệt thự du lịch nghỉ dưỡng thuộc Dự án Vinpeal Golf land Resort & Villas (phường Vĩnh Nguyên, TP Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa), giá ghi trên hợp đồng 18.558.111.680 đồng, thanh toán trước 35% cho chủ đầu tư và vay ngân hàng 65%.
Tháng 8/2018, Lợi sử dụng 2.284.422.366 đồng từ nguồn tiền thu được của 27 gói thầu để trả một phần tiền mua biệt thự. Hiện giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất vẫn được thế chấp tại ngân hàng, tính đến ngày 22/5/2023, còn nợ 9.693.039.433 đồng (gồm nợ gốc và lãi suất).
Ngày 26/1/2018, Nguyễn Trần Ngọc Diễm đại diện Công ty TNHH Ngọc Đạo ký hợp đồng đồng mua căn biệt thự thuộc Dự án Khu trung tâm phức hợp Sài Gòn-Ba Son với giá hợp đồng là 99.678.405.616 đồng, thanh toán trước 35% và vay ngân hàng 65%. Nguyễn Văn Lợi đã sử dụng 37.678.405.615 đồng từ nguồn tiền thu được của 27 gói thầu chuyển về tài khoản Công ty TNHH Ngọc Đạo để trả tiền mua biệt thự này. Hiện căn biệt thự cũng được thế chấp để vay tiền ngân hàng, đến ngày 22/5/2023, còn nợ 63.017.213.077 đồng (nợ gốc và lãi suất), biệt thự chưa được cấp giấy chứng nhận.
Tháng 5/2017, vợ chồng Nguyễn Minh Quân mua thửa đất 738-742 tại phường Linh Xuân, quận Thủ Đức (cũ) với giá 11.750.000.000 đồng. Quân chỉ đạo Lợi dùng tiền lợi nhuận thu được từ 27 gói thầu để thanh toán tiền mua đất. Đến tháng 6/2021, vợ chồng Quân bán thửa đất trên với giá 19 tỷ đồng.
Ngoài ra, trong năm 2018 và 2018, Công ty TNHH TMDV-SX Nguyễn Tâm mua 2 xe ô tô hiệu Audi Q7 và Mercedes S450 để Quân sử dụng, và Lợi dùng 8.643.850.000 đồng từ nguồn thu được từ 27 gói thầu, để thanh toán một phần tiền mua 2 xe ô tô này. Ngày 20/5/2021, Nguyễn Văn Lợi bán 2 xe được 8,15 tỷ đồng, dùng 4,15 tỷ đồng trả nợ ngân hàng, còn lại 4 tỷ đồng tỷ Lợi nộp cho Cơ quan điều tra để khắc phục hậu quả của vụ án.
Cáo trạng cũng xác định hành vi của 6 bị cáo: Ngô Trương Ngọc Bích, Đặng Thị Hiên, Nguyễn Huy Việt, Nguyễn Thị Ngọc, Nguyễn Lan Anh và Trần Hậu Nghĩa đã vi phạm quy định của pháp luật về đấu thầu, gây thiệt hại cho Nhà nước.
Căn cứ tài liệu điều tra xác định 6 bị cáo này là cấp dưới, thực hiện hành vi sai phạm theo chỉ đạo, không biết động cơ mục đích “Tham ô tài sản” của Quân và Lợi; không hưởng lợi nên không đồng phạm với Quân về hành vi chiếm đoạt tài sản, nhưng đủ căn cứ cấu thành tội phạm độc lập “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” theo khoản 3 Điều 222 Bộ luật Hình sự năm 2015 (có mức án từ 10-20 năm tù).
Trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Minh Quân và Nguyễn Văn Lợi bị xét xử tội “Tham ô tài sản” quy định tại điểm a khoản 4 Điều 353 (có mức án từ 20 năm tù đến tử hình) và tội “Rửa tiền” quy định tại điểm a khoản 3 Điều 324 (có mức án từ 10-15 năm tù).
Đối với bị cáo Nguyễn Trần Ngọc Diễm (vợ bị cáo Quân) cũng bị xử tội “Rửa tiền” theo điểm a khoản 3 Điều 324.
