Theo HĐXX, trong vụ án, bị cáo Lương Văn Hóa - Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Dược Cửu Long phải chịu trách nhiệm chính về những sai phạm tại doanh nghiệp này. Bị cáo Hóa biết rõ các quy định của pháp luật, nhưng khi Công ty Dược Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu, bị cáo này đã chỉ đạo giữ lại hơn 3,8 triệu USD để sử dụng mà không báo cáo Bộ Y tế. Do đó, bị cáo Hóa giữ vai trò phạm tội cao nhất.
Giúp sức cho bị cáo Hóa là thuộc cấp Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa và Nguyễn Thanh Tòng. Lợi dụng việc được giảm giá mua nguyên liệu thuốc, bị cáo Hóa đã chỉ đạo đồng phạm hợp thức hồ sơ nhằm che giấu khoản tiền 3,8 triệu USD mà không báo cáo Bộ Y tế. Sau đó, nhóm này đã sử dụng trái mục đích số tiền được giảm giá, gây thiệt hại tài sản Nhà nước.
Đối với những bị cáo thuộc Bộ Y tế, HĐXX kết luận các bị cáo Cao Minh Quang, Nguyễn Việt Hùng, Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga đã thiếu kiểm tra, rà soát nên không phát hiện ra Công ty Dược Cửu Long đã dùng thủ đoạn gian dối để giữ lại hơn 3,8 triệu USD.
HĐXX sơ thẩm kết luận, hành vi của bị cáo Cao Minh Quang và đồng phạm gây nguy hiểm cho xã hội, làm ảnh hưởng đến uy tín của ngành y. Các bị cáo được giao quản lý tài sản công nhưng đã thiếu trách nhiệm, thiếu ý thức trong việc nghiệm thu hợp đồng giữa Bộ Y tế với Công ty Dược Cửu Long. Hậu quả gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước hơn 61 tỷ đồng.
Từ những nhận định trên, HĐXX đã tuyên phạt cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang mức án 30 tháng tù nhưng cho hưởng án treo về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”. Cùng nhóm tội này, các cựu cán bộ, lãnh đạo thuộc Bộ Y tế bị tuyên phạt từ 15 tháng tù treo đến 30 tháng tù giam.
Đối với tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Lương Văn Hóa 9 năm tù; Nguyễn Văn Thanh Hải - nguyên Kế toán trưởng Công ty Dược Cửu Long 6 năm tù và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa - nguyên Giám đốc Chi nhánh TP Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Dược Cửu Long 5 năm tù.
Về dân sự, tòa ghi nhận bị cáo Cao Minh Quang và đồng phạm tại Bộ Y tế đã nộp khắc phục tổng số tiền hơn 1,9 tỷ đồng. Còn bị cáo Lương Văn Hóa cùng thuộc cấp nộp khắc phục gần 1,5 tỷ đồng. Số tiền này sẽ được trừ vào khoản hơn 3,8 triệu USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) mà Công ty Dược Cửu Long phải bồi thường cho Bộ Y tế. Như vậy, HĐXX buộc Công ty Dược Cửu Long còn phải nộp khắc phục hơn 58 tỷ đồng.
