Thời gian qua, truyền thông “nóng” lên câu chuyện nhiều người dân đã lén lút xây đền, lập phủ, thậm chí là nhảy đồng tại gò Kim Châu (thuộc hồ Văn, Văn Miếu – Quốc Tử Giám). Chính quyền địa phương và Ban quản lý đã làm nhiều biện pháp ngăn chặn hành động xâm hại di tích cấp quốc gia đặc biệt này. Sau sự kiện trên, Trung tâm Khoa học Văn Miếu Quốc Tử Giám đã làm việc với Nhân dân, xét thấy nguyện vọng sinh hoạt văn hóa tâm linh của người dân nơi đây là cần thiết, Trung tâm đã đề xuất với UBND TP Hà Nội và Bộ VHTT&DL được phục dựng Phương Đình trên đảo Kim Châu.
Ông Lê Xuân Kiêu cho biết: “Trước kia có dự án xây Phương Đình nhằm khôi phục lại các hoạt động trên khu vực gò Kim Châu, Hồ Văn là nơi bình thơ văn của các bậc nho sĩ. Nhưng rất tiếc dự án không thực hiện được. Hiện nay, Trung tâm Hoạt động văn hóa khoa học Văn Miếu – Quốc Tử Giám đã mời nhóm khảo sát và chuyên gia Pháp sang làm việc, khảo sát toàn bộ hiện trạng di tích, trên cơ sở đó lập quy hoạch tổng thể cho toàn bộ khu vực Văn Miếu Quốc Tử Giám, trong đó có Hồ Văn. Các chuyên gia Pháp hết sức coi trọng Hồ Văn, và chúng tôi đặt ra yêu cầu quy hoạch, phải đưa Hồ Văn thành một chủ thể không tách rời với khu Văn Miếu- Quốc Tử Giám và phát huy giá trị của nó”.
Ngoài ra, Trung tâm đang có ý tưởng xây dựng bảo tàng giáo dục tại Văn Miếu – Quốc Tử Giám nhằm giới thiệu lịch sử học hành, thi cử của các nho sĩ, các bậc tiên thánh, tiên hiền, tiên nho. Trong điều kiện có thể, Trung tâm sẽ phục dựng các kỳ thi trong thời kỳ phong kiến để người dân và du khách hiểu hơn về chế độ thi cử ngày xưa. Theo ông Lê Xuân Kiêu, hiện du khách đến Văn Miếu – Quốc Tử Giám mới chỉ biết về nền giáo dục thời kỳ phong kiến thông qua các văn bản mà không hình dung được cụ thể. Nếu xây dựng được bảo tàng giáo dục, du khách và người dân sẽ hiểu hơn về quá trình học hành, thi cử, khi đỗ đạt, vinh quy bái tổ của các nho sĩ và những đóng góp của họ cho đất nước.
Hiện tại, Trung tâm hoạt động văn hóa khoa học Văn Miếu – Quốc Tử Giám đang tổ chức nhiều hoạt động liên quan đến truyền thống hiếu học, hiếu nghĩa, tôn sự trọng đạo, tôn trọng hiền tài. Hàng năm, Trung tâm phối hợp với ngành giáo dục Thủ đô tổ chức chương trình giáo dục di sản, tìm hiểu về di sản Văn Miếu – Quốc Tử Giám cho học sinh các trường trên địa bàn thành phố. Đồng thời, tại đây còn tổ chức lễ vinh danh Thủ khoa các trường đại học, cao đẳng trên địa bàn Hà Nội, tổ chức lễ kết nạp đoàn viên, đội viên, lễ ra trường, các cuộc triển lãm về thi cử thời phong kiến, hội thảo về các tiến sỹ được ghi danh tại hệ thống bia đá…