Hầu hết các trường đều vi phạm 24 trường ĐH,CĐ được kiểm tra đợt đầu gồm: ĐH Kỹ thuật Y tế Hải Dương, ĐH Chu Văn An, ĐH Công nghiệp Hà Nội, ĐH Đại Nam, ĐH Hòa Bình, ĐH Điều dưỡng Nam Định, ĐH Hà Hoa Tiên, ĐH Kinh tế và QTKD - ĐH Thái Nguyên, ĐH Lương Thế Vinh, ĐH Nguyễn Trãi, ĐH Văn Hiến, ĐH Đông Đô, ĐH Kiến trúc Đà Nẵng, CĐ CNTT TPHCM, ĐH Bà Rịa - Vũng Tàu, ĐH Sài Gòn, ĐH Tài chính Marketing, ĐH Quốc tế Sài Gòn, ĐH Hoa Sen, ĐH Cửu Long, ĐH Kinh tế Công nghiệp Long An, ĐH Công nghiệp TPHCM, ĐH Kinh tế - Tài chính TP.HCM và Học viện Hàng không Việt Nam. Theo kết luận thanh tra của Bộ GD-ĐT, qua kiểm tra hầu hết các trường chưa thực hiện được cam kết. Các chỉ tiêu theo văn bản cam kết khi thành lập trường hầu hết đều cao, nhiều chỉ tiêu quá cao, khó thực hiện được. Có trường chưa định hình được hướng phát triển như Trường ĐH Hà Hoa Tiên. Tại thời điểm kiểm tra, số lượng giảng viên (GV) cơ hữu ở nhiều trường không đảm bảo. Trong số 24 trường đã kiểm tra thì có 10 trường dưới 100 GV cơ hữu và hợp đồng dài hạn. Đặc biệt có 3 trường có số GV cơ hữu chưa đến 60 người như Trường ĐH Nguyễn Trãi, có 55 GV cơ hữu và hợp đồng dài hạn (GV CH & HĐDH); trường ĐH Văn Hiến có 52 GV CH và HĐDH, trường ĐH Hà Hoa Tiên có 59 GV CH & HĐDH. Tỷ lệ sinh viên GV CH & HĐDH của nhiều trường còn cao, có 6 trường trên có 50 SV/GVCH&HĐDH như trường CĐ CNTT TPHCM, ĐH Đông Đô, ĐH Tài chính - Marketing, ĐH Văn Hiến, ĐH Công nghiệp Hà Nội, ĐH Kiến trúc Đà Nẵng. Hai trường có trên 80 SV/GV CH & HĐDH như ĐH Văn Hiến và trường CĐ CNTT TPHCM. Nếu tính cả số SV hệ vừa làm vừa học, học sinh trung cấp chuyên nghiệp ở các trường đại học thì tỷ lệ này còn cao hơn nữa. Một số trường công lập tuyển sinh vượt quá quy mô cam kết như trường ĐH Kinh tế - Quản trị Kinh doanh – ĐH Thái Nguyên vượt 126% cam kết; vừa tuyển sinh đại học, vừa tuyển sinh CĐ, THCN, dạy nghề là trường ĐH Công nghiệp Hà Nội, trong khi đó một số trường tư thục có xu hướng tuyển sinh ngày càng ít đi như trường ĐH Hòa Bình, ĐH Chu Văn An, ĐH Nguyễn Trãi, đặc biệt trường ĐH Hà Hoa Tiên chỉ đạt 4,2% cam kết. 41 ngành không có tiến sỹ, 12 ngành không có tiến sỹ và thạc sỹ, thậm chí có ngành chưa có GV cơ hữu. Nhiều GV chưa có chứng chỉ bồi dưỡng nghiệp vụ sư phạm.
Một số trường chưa xây dựng được cơ sở vật chất độc lập, 3 trường chưa có đất như trường ĐH Văn Hiến, ĐH Đông Đô, ĐH Nguyễn Trãi; 3 trường có diện tích đất dưới 1 ha là trường CĐ CNTT TPHCM, ĐH Bà Rịa - Vũng Tàu, ĐH Kiến trúc Đà Nẵng. Trường ĐH Hòa Bình đã có đất song khả năng xây dựng được cơ sở trong vài năm tới rất khó khả thi.
Đình tuyển sinh 3 trường và 12 ngành đào tạo Bộ GD-ĐT đã quyết định đình chỉ tuyển sinh năm 2012 với 3 trường gồm trường ĐH Văn Hiến với lý do chưa có đất, tỷ lệ SV trên GV cơ hữu quá cao là 4947SV/52 GV (95,1%); Trường ĐH Đông Đô bị đình chỉ với lý do như ĐH Văn Hiến, tỷ lệ sinh viên 4276/77 giảng viên (55%). Trường CĐ CNTT TPHCM bị đình chỉ với lý do diện tích đất quá nhỏ, tỷ lệ SV trên GV cơ hữu quá cao là 6420 SV/76 GV (84,5%). Bộ GD-ĐT yêu cầu đến năm 2013, nếu các trường này không khắc phục được các điều kiện bảo đảm chất lượng sẽ xem xét đình chỉ hoạt động giáo dục. Năm 2012, Bộ GD-ĐT đình chỉ tuyển sinh đối với 12 ngành thuộc 4 trường đại học gồm: Trường ĐH Chu Văn An: Bộ đình chỉ tuyển sinh 4 ngành là Kỹ thuật xây dựng công trình, Tiếng Anh, tiếng Trung, Việt Nam học do chưa có GV cơ hữu có trình độ thạc sỹ và tiến sỹ. Trường ĐH Lương Thế Vinh: Bộ đình chỉ tuyển sinh 4 ngành là Công nghệ Kỹ thuật điện - điện tử; Công nghệ thực phẩm, Bảo vệ thực vật, Khoa học Thư viện do chưa có GV cơ hữu có trình độ thạc sỹ và tiến sỹ.
Trường ĐH Nguyễn Trãi: Bộ đình chỉ tuyển sinh 2 ngành Kế toán và Quản trị kinh doanh do chưa có GV cơ hữu có trình độ tiến sỹ, tỉ lệ SV/GV cao. ĐH Kiến trúc Đà Nẵng: Bộ đình chỉ 2 ngành là Kế toán, Quản trị kinh doanh do chưa có GV cơ hữu có trình độ tiến sỹ, tỉ lệ SV/GV cao. Đến năm 2013, nếu các ngành nêu trên vẫn không khắc phục được nguyên nhân dẫn đến đình chỉ tuyển sinh thì sẽ xem xét thu hồi quyết định mở ngành đào tạo các ngành này. Bên cạnh đó, Bộ GD-ĐT cũng đã ra văn bản cảnh cáo 3 trường chưa có đất là ĐH Văn Hiến, ĐH Đông Đô, ĐH Nguyễn Trãi. Đến năm 2013, nếu các trường này vẫn chưa có đất xây dựng trường theo cam kết thì đề nghị Thủ tướng Chính phủ giải thể trường. Với những trường có đất nhưng chưa xây dựng được cơ sở vật chất như trường ĐH Hòa Bình, ĐH Chu Văn An, ĐH Kinh tế - tài chính TPHCM, ĐH Quốc tế Sài Gòn đến năm 2013, nếu các trường này vẫn chưa xây dựng được trường theo cam kết sẽ đình chỉ hoạt động giáo dục và xem xét đề nghị Thủ tướng Chính phủ giải thể trường. Trao đổi với báo chí, ông Nguyễn Huy Bằng, Chánh thanh tra Bộ GD-ĐT cho biết: “Những trường tỷ lệ SV/GV cao nhưng chưa đến mức bị đình chỉ, Bộ sẽ cắt giảm chỉ tiêu tuyển sinh năm nay. Năm tới, Bộ sẽ tiếp tục thanh tra, kiểm tra tiếp các trường ĐH,CĐ trong cả nước về cam kết thành lập trường và sẽ kiên quyết đưa ra biện pháp xử lý mạnh nhằm đảm bảo chất lượng giáo dục”.
