Tổng cục Hải quan cho biết, theo phản ánh của một số địa phương, người khai hải quan đã nộp thuế tại một trong các ngân hàng thương mại đã ký thỏa thuận phối hợp thu với Tổng cục Hải quan, nhưng thông tin nộp thuế không được cập nhật hoặc được cập nhật chậm vào Cổng thông tin điện tử của hải quan. Cũng có tình trạng, một số chi nhánh, điểm thu của ngân hàng thương mại không thực hiện truy vấn thông tin số phải thu và cập nhật thông tin nộp tiền qua cổng thông tin điện tử hải quan, đã làm ách tắc và không thông thoáng trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Bên cạnh đó, việc truyền nhận thông tin thu thuế chuyển từ Kho bạc Nhà nước tới cơ quan Hải quan vẫn chậm, thông tin nhiều khi không đầy đủ, còn thiếu các chỉ tiêu thông tin nên cơ quan Hải quan mất rất nhiều thời gian rà soát về giấy nộp tiền để cập nhật, hạch toán kế toán… Trước những vướng mắc này, để giảm thời gian thông quan hàng hóa, giảm thời gian nộp thuế của doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan đã đề nghị Kho bạc Nhà nước trung ương chỉ đạo các Kho bạc Nhà nước địa phương rà soát các điểm thu của Kho bạc, điểm thu của các ngân hàng thương mại được Kho bạc Nhà nước ủy nhiệm thực hiện thu thuế cập nhật đúng các quy định về công tác tra cứu, cập nhật thông tin vào hệ thống trao đổi thông tin (1 giờ/1 lần thông tin thu và 1 ngày/1 lần Bảng kê giấy nộp tiền). Đồng thời, Tổng cục Hải quan cũng đề nghị các ngân hàng thương mại triển khai thu thuế và thu khác, bảo lãnh thuế bằng điện tử trên tất cả các chi nhánh, điểm giao dịch mà các ngân hàng thương mại đã ký giao dịch thanh toán, bảo lãnh điện tử với Tổng cục Hải quan. Cùng với đó, yêu cầu các ngân hàng thương mại chỉ đạo chi nhánh, điểm giao dịch khi thực hiện thu tiền hoặc chuyển tiền của doanh nghiệp để nộp thuế cho cơ quan Hải quan thì khai thác số phải thu và cập nhật thông tin nộp tiền đầy đủ, kịp thời vào cổng thanh toán điện tử của hải quan ngay sau khi thu tiền, trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế. Theo Tổng cục Hải quan, đây chỉ là những biện pháp trước mắt mà Tổng cục Hải quan khắc phục ngay để có thể nhanh chóng giảm bớt thời gian nộp thuế của doanh nghiệp. Về lâu dài, Tổng cục Hải quan đang xây dựng dự thảo Thông tư quy định việc nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất nhập khẩu để giảm phiền hà cho người nộp thuế. Theo đó, khi Thông tư được ban hành (dự kiến 1/11/2014 ) việc nộp thuế của doanh nghiệp sẽ được cơ quan Hải quan cập nhật nhanh hơn, thường xuyên hơn, chính xác hơn và sẽ hạn chế tối đa việc treo nợ thuế của người nộp thuế. Điều này sẽ giúp doanh nghiệp thông quan nhanh lô hàng, góp phần giảm thời gian thông quan, trên cơ sở đó giám sát được những chi phí phát sinh.