Trong số 162 em dự thi, có 88 HS của trường THPT chuyên Hà Nội – Amsterdam, 37 HS trường THPT chuyên Nguyễn Huệ; 23 HS trường THPT Chu Văn An; 4 HS trường THPT Sơn Tây. Ngoài ra, các trường THPT Trần Phú, Đào Duy Từ, Nhân Chính, mỗi trường có 2 học sinh dự thi. Các trường THPT Thăng Long, Mỹ Đức A, Nguyễn Tất Thành, Đa Phúc, mỗi trường có 1 học sinh tham dự đội tuyển. Trong đó, đội tuyển môn Sinh học, tếng Anh có số lượng đông nhất với 18 HS/đội. Tiếp đến là đội tuyển Hóa học, Tin học,… Tham dự kỳ thi HS giỏi quốc gia năm học 2012 – 2013, HS Hà Nội đã xuất sắc giành 130 giải (tăng 5 giải so với năm học 2011 - 2012), đứng đầu toàn quốc về số lượng giải và số giải Nhất.