Theo quyết định trên, Ban Chỉ huy gồm 18 thành viên. Trưởng ban Chỉ huy là Ủy viên T.Ư Đảng, Chủ tịch UBND TP Hà Nội Trần Sỹ Thanh.
Ban Chỉ huy có nhiệm vụ tập trung lãnh đạo, chỉ đạo xuyên suốt từ TP đến cơ sở đối với công tác phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai xảy ra tại các huyện: Chương Mỹ, Quốc Oai, Thạch Thất. Chủ động làm việc với các cơ quan T.Ư và các tỉnh lân cận để thống nhất phương án trong công tác phòng, chống úng ngập, bảo đảm an toàn tuyệt đối đối với hệ thống đê điều, nhất là các tuyến đê ở vị trí xung yếu trên địa bàn 3 huyện: Chương Mỹ, Quốc Oai, Thạch Thất.
Cùng nhiệm vụ trên, Ban Chỉ huy cung cấp thông tin đầy đủ, kịp thời cho các cơ quan truyền thông và Nhân dân về diễn biến của thiên tai và công tác phòng, chống, khắc phục của TP. Định kỳ hằng ngày cập nhật, báo cáo tình hình với Thường trực Thành ủy.
Trưởng ban Chỉ huy có trách nhiệm phân công nhiệm vụ cho các thành viên trong Ban Chỉ huy phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai xảy ra tại các huyện: Chương Mỹ, Quốc Oai, Thạch Thất bảo đảm rõ người, rõ việc, rõ trách nhiệm. Ban Chỉ huy tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ.