Theo Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng, năm 2016 thực hiện nghị quyết của Quốc hội và HĐND các cấp trong điều kiện tiếp tục phải điều chỉnh giảm thuế theo cam kết hội nhập khu vực và quốc tế; việc thực hiện có hiệu quả các giải pháp đồng bộ nhằm phấn đấu phục hồi tăng trưởng kinh tế, sự nỗ lực của cả hệ thống chính trị đã góp phần tác động quan trọng đến kết quả thu, chi ngân sách năm 2016.
Bên cạnh đó, chi đầu tư phát triển hợp lý, ưu tiên đối với nông nghiệp, nông thôn, các địa phương miền núi, Tây Nguyên, thực hiện nhiệm vụ xóa đói giảm nghèo, an sinh xã hội, phòng chống, khắc phục hậu quả thiên tai, dịch bệnh; bổ sung kinh phí quốc phòng, an ninh, góp phần ổn định kinh tế vĩ mô, bảo đảm an ninh tài chính quốc gia. Công tác quản lý, kiểm soát chi NSNN chặt chẽ theo quy định của Luật NSNN và nghị quyết của Quốc hội. Các bộ, cơ quan trung ương, địa phương đã triển khai nhiều giải pháp, điều hành dự toán NSNN có hiệu quả, tiết kiệm, chống lãng phí theo nghị quyết của Quốc hội.Trên cơ sở dự toán thu, chi NSNN năm 2016 và kết quả thực hiện trong thực tế, Chính phủ trình Quốc hội xem xét phê chuẩn quyết toán thu, chi NSNN năm 2016 như sau: Tổng số thu cân đối NSNN là 1.407.572 tỷ đồng (bao gồm cả nguồn năm 2015 chuyển sang năm 2016, thu kết dư ngân sách địa phương năm 2015, thu huy động đầu tư của ngân sách địa phương và thu từ quỹ dự trữ tài chính theo quy định của Luật NSNN). Tổng số chi cân đối NSNN là 1.574.448 tỷ đồng (bao gồm cả chuyển nguồn từ năm 2016 sang năm 2017). Bội chi NSNN 248.728 tỷ đồng, bằng 5,52% GDP (không bao gồm kết dư NSĐP 81.852 tỷ đồng).Thẩm tra về báo cáo Quyết toán NSNN năm 2016 của Chính phủ, thay mặt Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách Nguyễn Đức Hải đánh giá cao việc Chính phủ đã ban hành nhiều chính sách, đề ra nhiều giải pháp để góp phần ổn định kinh tế vĩ mô, kiểm soát lạm phát, bảo đảm an sinh xã hội…Tuy nhiên, bên cạnh kết quả đạt được, Ủy ban Tài chính - Ngân sách Nguyễn Đức Hải đánh giá, việc thực hiện một số nội dung liên quan đến chính sách tài khóa năm 2016 chưa thực sự hiệu quả và cơ cấu thu ngân sách chưa bền vững. Cụ thể, tổng thu ngân sách nhà nước năm 2016 vượt dự toán nhưng chủ yếu là tăng thu từ đất, thu cổ tức, lợi nhuận còn lại của các DN Nhà nước. Tăng thu chủ yếu của ngân sách địa phương, còn ngân sách trung ương thì hụt thu cân đối. Việc thu ngân sách dựa vào tài nguyên và đất như trên khiến dư địa thu ngày càng hạn hẹp trong điều kiện chính sách thu chậm được sửa đổi, đặt ra nhiều thách thức cho cân đối ngân sách...Bên cạnh đó, vẫn xảy ra tình trạng trốn thuế, thất thu ngân sách, nợ đọng thuế lớn. Năm 2016 tiến hành thanh tra, kiểm tra trên 91.419 DN, truy thu nộp ngân sách Nhà nước hơn 12.500 tỷ đồng. Dù vậy, tình trạng kê khai thiếu thuế vẫn chưa được khắc phục. Kết quả kiểm toán đã kiến nghị tăng thu 19.109 tỷ đồng, trong đó các DN ngoài quốc doanh tăng thu thêm 1.351 tỷ đồng.Cũng theo Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách, mặc dù Chính phủ đã tích cực điều hành dự toán chi NSNN theo quy định trong bối cảnh khó khăn, hướng tới mục tiêu tiết kiệm và tránh lãng phí, song việc lập và giao dự toán chi đối với một số khoản chi chưa sát thực tế; vẫn còn tình trạng giao dự toán chậm; giao dự toán chi đầu tư phát triển chưa đúng đối tượng, chưa tuân thủ kế hoạch đầu tư công trung hạn 2016 - 2020.Đặc biệt, mặc dù tổng chi ngân sách Nhà nước vượt dự toán, song một số nhiệm vụ chi quan trọng, đảm bảo cho phát triển bền vững lại không đạt dự toán như chi sự nghiệp giáo dục đào tạo và dạy nghề đạt 91%, chi sự nghiệp y tế đạt 97,6%, chi sự nghiệp khoa học công nghệ đạt 90,2%... Bên cạnh đó, một số khoản chi đảm bảo xã hội chưa thực hiện kịp thời nên chi lương hưu và bảo đảm xã hội chỉ đạt 92,6% dự toán.Ngoài ra, tình trạng chi sai chế độ, sử dụng sai nguồn kinh phí ở các đơn vị còn lớn. Tại các bộ ngành, địa phương, nguồn kinh phí chi sai là 1.952 tỷ đồng; sử dụng nguồn cải cách tiền lương cho mục đích khác là 804,8 tỷ đồng. Tỷ lệ nợ đọng lớn nhưng tại nhiều địa phương chưa xây dựng phương án, lộ trình xử lý nợ theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Các dự án được kiểm toán hầu hết đều có sai sót trong nghiệm thu, thanh toán.
Cụ thể, kiểm toán 1.497 dự án, kiểm toán nhà nước tài chính 10.125 tỷ đồng. Theo báo cáo thẩm tra quyết toán ngân sách Nhà nước 2016, con số bội chi là 248.728 tỷ đồng, bằng 5,52% GDP thực hiện. Số bội chi này được đánh giá là thấp hơn nhưng vẫn vượt mức Quốc hội cho phép là 4,95% GDP.