Theo đó, để chuyển thuế từ tờ khai hủy sang tờ khai lại (nếu có), cơ quan Hải quan cần căn cứ giấy đề nghị điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư 08/2013/TT-BTC do người khai hải quan nộp. Công chức hải quan thực hiện kiểm tra thông tin trên giấy nộp tiền và giấy đề nghị điều chỉnh thuế, nếu hợp lệ thì xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế cho tờ khai đã sửa đổi lại trên Hệ thống kế toán tập trung. Đồng thời, chuyển giấy nộp tiền và giấy đề nghị điều chỉnh thuế cho bộ phận kế toán để cập nhật lại thông tin giấy nộp tiền của tờ khai hủy sang thông tin nộp thuế của tờ khai lại/sửa đổi lại. Sau khi cập nhật thì thực hiện điều chỉnh số tờ khai hủy trên Bảng kê giấy nộp tiền bằng số tờ khai nợ thuế và cập nhật vào hệ thống kế toán tập trung mà không cần chuyển giấy đề nghị điều chỉnh sang Kho bạc nhà nước. Tuy nhiên, cơ quan Hải quan cần phải lưu toàn bộ những chứng từ liên quan của tờ khai hủy vào hồ sơ hải quan của tờ khai lại để theo dõi và kiểm tra Được biết, thời gian vừa qua, một số Hải quan địa phương gặp vướng mắc trong quá trình xử lý tiền thuế đã nộp của những tờ khai hủy, vì Kho bạc Nhà nước từ chối tiếp nhận các trường hợp Giấy điều chỉnh thu NSNN có lý do điều chỉnh là “tờ khai hủy”. Để tạo thuận lợi cho người nộp thuế trong hoạt động XNK, đồng thời để giảm thời gian làm thủ tục hành chính trong việc kê khai nộp thuế, Tổng cục Hải quan vừa đề nghị Kho bạc Nhà nước chỉ đạo Kho bạc Nhà nước địa phương chấp nhận giấy điều chỉnh thu NSNN đối với số tiền thuế đã nộp của tờ khai hủy. Theo đó, Kho bạc Nhà nước đồng ý chấp nhận các “Giấy đề nghị điều chỉnh thu NSNN” và thực hiện điều chỉnh theo đề nghị của cơ quan Hải quan trong trường hợp các điều chỉnh đó liên quan trực tiếp đến việc hạch toán thu NSNN tại Kho bạc.