Đại diện các chi cục đã đưa ra những vướng mắc về quy định giám sát hải quan đối với DN trong khu chế xuất, những khó khăn trong vấn đề kiểm tra định mức hàng gia công, điều kiện để thành lập các kho ngoại quan… Bên cạnh đó, về thủ tục hải quan đối với hành lý của hành khách hàng chuyển phát nhanh hiện cũng chưa có quy định cụ thể về tiêu chí phần mềm để quản lý; thông tin trước chuyến bay đối với khách xuất nhập cảnh và hàng hoá XNK còn chưa đầy đủ, chưa được chuẩn hoá, cùng với đó là vướng về chính sách mặt hàng đối với hàng phi mậu dịch. Đặc biệt, việc giải quyết đối với hàng hoá tồn kho quá 90 ngày còn khó khăn...