Theo ông Bằng, số vụ tố cáo phức tạp, tố cáo các cán bộ lãnh đạo chủ chốt thường xảy ra khi hết nhiệm kỳ, các đại hội, phong tặng các danh hiệu… Tại một số sở GD&ĐT vẫn còn tình trạng đơn thư khiếu nại vượt cấp, kéo dài. Nguyên nhân do việc giải thích, hướng dẫn, thuyết phục chưa được chú trọng hoặc chưa có kỹ năng giải quyết. Hoặc người khiếu nại, tố cáo chưa hiểu biết đầy đủ về pháp luật khiếu nại, tố cáo. Các cơ sở giáo dục không tổ chức thanh tra nội bộ và không giải quyết dứt điểm các vụ khiếu nại, tố cáo ngay tại cơ sở. Việc này dẫn đến phát sinh phức tạp, nhiều vụ việc kéo dài, khiếu nại, tố cáo vượt cấp nên Bộ GD&ĐT phải trực tiếp chỉ đạo hoặc xử lý, giải quyết.
Hằng năm, Bộ GD&ĐT phải xử lý hơn 1.000 đơn thư, trong đó chủ yếu không đúng thẩm quyền. Nhiều trường hợp tố cáo quyết liệt, kiên trì với sự tham gia của nhiều lực lượng; có những vụ chuyển hóa từ khiếu nại sang tố cáo, kiện hành chính. Nhiều trường hợp người khiếu nại, tố cáo trở thành người bị khiếu nại, tố cáo. “Mặc dù Bộ GD&ĐT đã rất quan tâm phối hợp với Thanh tra Chính phủ, các địa phương giải quyết, nhưng chưa dứt điểm được nhiều vụ, ảnh hưởng không nhỏ đến quá trình thực hiện chuyên môn” - ông Bằng nhấn mạnh.
Theo ông Bằng, các hoạt động thanh tra giáo dục có tác động tích cực đối với công tác quản lý. Hoạt động thanh tra điều kiện đảm bảo chất lượng giáo dục giúp cho các cơ sở hiểu rõ những việc đã, chưa làm được, đặc biệt là điều kiện về đội ngũ, cơ sở vật chất, diện tích đất đai, sàn xây dựng. Các trường tích cực hơn trong đầu tư cơ sở vật chất, mở rộng đất đai, diện tích sàn xây dựng và tuyển dụng đội ngũ giáo viên đáp ứng yêu cầu chất lượng giáo dục. Nhiều trường đại học đã có chuyển biến rõ rệt sau thanh tra như: Kinh tế Quốc dân, Đông Đô… Qua thanh tra liên kết đào tạo đã phát hiện nhiều vi phạm như liên kết không phép, sai đối tượng, không đảm bảo điều kiện chất lượng, có biểu hiện thương mại hóa… Các đoàn thanh tra cũng đã phát hiện và kịp thời chấn chỉnh những hạn chế, thiếu sót trong việc thực hiện tự chủ của các cơ sở giáo dục đại học như xác định chỉ tiêu tuyển sinh bảo đảm tiêu chí quy định; tuyển sinh vượt chỉ tiêu; mở ngành đào tạo khi chưa đủ điều kiện về đội ngũ giảng viên; thu sai, vượt quy định các khoản phí đào tạo cao hơn, học phí học lại, học cải thiện điểm…