Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố được giao phối hợp với các tỉnh và các cơ quan tài chính, thống nhất phương thức hợp tác đầu tư cho tuyến đường sắt để sớm hoàn chỉnh hồ sơ, trình các cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Trước đó, ông Nguyễn Thành Phong đã làm việc với lãnh đạo các tỉnh về quy hoạch tuyến đường sắt TP.HCM - Cần Thơ. Sau khi nghe báo cáo đề xuất của Viện Khoa học Công Nghệ Phương Nam và Tập đoàn Tài chính Canada MorFund, ông Phong bày tỏ đồng thuận về sự cần thiết đầu tư tuyến đường sắt này cho sự phát triển kinh tế của 5 tỉnh thành nó đi qua.

Tuyến đường sắt được bắt đầu từ ga Tân Kiên (TP.HCM), song song với Vành đai 2. Đến nút giao Chợ Đệm, cặp theo đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương về Bến Lức (Long An), Trung Lương, Cai Lậy, Mỹ Thuận (Tiền Giang) rồi vượt sông Tiền ở hạ lưu cầu Mỹ Thuận để qua ngoại vi thị xã Vĩnh Long.

Tiếp tục cặp theo đường cao tốc đến phà Cần Thơ, tuyến đường sắt vượt sông Hậu ở hạ lưu cầu Cần Thơ để nối vào TP Cần Thơ tại khu vực cảng Cái Răng.

Toàn tuyến dài 134km với 10 ga, khổ đường 1.435mm, tốc độ dưới 200km/h cho tàu hàng và trên 200 km/h cho tàu khách. Dự án có tổng vốn đầu tư lên đến 3,6 tỷ USD và được xây dựng theo hình thức BOT (xây dựng - kinh doanh - chuyển giao).

Theo Viện Khoa học và Công nghệ Phương Nam, việc đầu tư hệ thống đường sắt TP.HCM - Cần Thơ cần thiết, bởi dự án phù hợp với quy hoạch đến năm 2020. Hơn nữa, kinh nghiệm của các nước như Mỹ, Canada cho thấy đường sắt phù hợp với đô thị hạt nhân, đô thị vệ tinh. Việc xây dựng sẽ tác động đến sự phân công lao động chuyển dịch cơ cấu kinh tế của vùng đồng bằng sông Cửu Long.

Cuối năm 2013, dưới sự chứng kiến của lãnh đạo Bộ Giao thông vận tải, Ban chỉ đạo Tây Nam Bộ và đại diện các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long, Viện Khoa học và Công nghệ Phương Nam cùng Tập đoàn EDES Hoa Kỳ đã ký kết biên bản ghi nhớ về việc hợp tác đầu tư hệ thống đường sắt này.