Về lý thuyết, vụ mất trộm của ông Nguyễn Xuân Quang là vụ việc của cá nhân. Tuy nhiên, do sự việc diễn ra khi ông Quang đang thực hiện chuyến công tác tại địa phương theo kế hoạch thanh tra của Bộ Tài nguyên và Môi trường, và việc báo chí nêu thông tin liên quan đến một số "phong bì đã bóc và chưa bóc tại hiện trường" khiến dư luận nghi ngờ về nguồn gốc số tài sản bị mất của cá nhân ông Quang, và tính minh bạch trong quá trình thanh tra của Đoàn thanh tra liên ngành. Do đó, Bộ Tài Nguyên và Môi trường đã chỉ đạo Tổng Cục Môi trường phối hợp làm rõ với Cơ quan điều tra Công an tỉnh Long An để làm rõ thông tin.
Trao đổi, làm việc với Công an tỉnh Long An, Công an TP Tân An (có Biên bản làm việc kèm theo) và bản tường trình của ông Nguyễn Xuân Quang cho thấy, khoảng 06 giờ 10 phút ngày 26/9/2017, Công an TP Tân An nhận được tin báo vụ mất trộm tại Khách sạn Thanh Vân 2, phường 4, TP Tân An, tỉnh Long An từ Khách sạn thông báo qua điện thoại. Ngay sau đó, Công an TP Tân An đã cử cán bộ đến khách sạn để khám nghiệm hiện trường, tiến hành một số hoạt động điều tra ban đầu. Qua lời khai của ông Nguyễn Xuân Quang, Trưởng đoàn Thanh tra có thông báo bị mất 1 cặp da, trong đó có chứa 1 Laptop cá nhân và số tiền là 385.000.000 đồng (Ba trăm tám mươi lăm triệu đồng). Ông Quang khẳng định số tiền mất là tiền cá nhân của ông, mang theo đi công tác để giải quyết việc gia đình. Qua kiểm tra hiện trường tại phòng nghỉ của ông Quang (Phòng 209, Khách sạn Thanh Vân 2), Công an ghi nhận chỉ còn lại một số tài sản cá nhân gồm: ví (trong đó có 13 triệu tiền VNĐ và 2.300 USD), 2 điện thoại di động và 1 đồng hồ đeo tay. Không có phong bì trong phòng (chưa bóc và đã bóc) như thông tin báo chí nêu.Ngày 29/9/2017, Cơ quan điều tra Công an TP Tân An, tỉnh Long An đã khởi tố vụ án để điều tra vụ mất trộm nêu trên tại Khách sạn Thanh Vân 2, TP Tân An. Hiện nay, Cơ quan điều tra Công an TP Tân An đang trong quá trình điều tra vụ việc và khi có kết quả sẽ cung cấp thông tin cho báo chí theo quy định. Đại diện Tổng Cục Môi trường cũng đã tiến hành làm việc, trao đổi với các đơn vị vừa được thanh tra trên địa bàn tỉnh Long An, Sở Tài nguyên và Môi trường Long An, các thành viên Đoàn thanh tra cho biết Trưởng đoàn Thanh tra là ông Nguyễn Xuân Quang đã thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao; có thái độ đúng mực trong quá trình thanh tra.
