Bên cạnh vi phạm về thủ tục hải quan là vi phạm về khai hải quan nhưng không ảnh hưởng đến thuế với 848 vụ (tỷ lệ 4,6%), vi phạm về kiểm soát hải quan: 1.425 vụ (tỷ lệ 7,75%), vi phạm về kiểm tra giám sát hải quan: 152 vụ (tỷ lệ 0,28%), vi phạm về khai sai về thuế: 683 vụ (tỷ lệ 3,7%), trốn thuế, gian lận thuế: 129 vụ (tỷ lệ 0,7%), vi phạm về chính sách mặt hàng: 628 vụ (tỷ lệ 3,4%), vi phạm về khu, kho: 203 vụ (tỷ lệ 1,1%) và vi phạm khác: 1.610 vụ (tỷ lệ 8,73%). Qua những con số trên cho thấy, số vụ vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan bị cơ quan Hải quan phát hiện và xử lý vẫn chủ yếu là vi phạm về thủ tục hải quan. Ngoài ra còn một số các hành vi vi phạm khác liên quan đến thuế, chính sách mặt hàng và các hành vi vi phạm về kiểm soát hải quan. Những hàng hóa XNK thường xuyên phát hiện vi phạm chủ yếu tập trung ở những mặt hàng phục vụ tiêu dùng, các mặt hàng sắt, thép, sản phẩm điện tử, công nghệ cao. Có được kết quả trên là bởi các đơn vị trong toàn ngành đã chủ động trong việc xây dựng kế hoạch kiểm tra, tự kiểm tra, đồng thời thực hiện việc kiểm tra nội bộ các công tác này trong phạm vi thuộc quyền quản lý của mình. Ngoài ra, Tổng cục Hải quan cũng đã tổ chức thực hiện kiểm tra tại một số cục Hải quan tỉnh, thành phố.