Theo HĐXX phúc thẩm, Tổng Công ty CP Bia – Rượu – Nước giải khát Sài Gòn (Sabeco) được giao cho khu đất tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng (TP Hồ Chí Minh). Trong quá trình quản lý Sabeco, Vũ Huy Hoàng – nguyên Bộ trưởng Bộ Công Thương và Phan Chí Dũng đã chỉ đạo cán bộ cấp dưới thực hiện các thủ tục góp vốn bằng quyền sử dụng khu đất này để thành lập Công ty liên doanh Sabeco Pearl cùng với các doanh nghiệp tư nhân đầu tư thực hiện Dự án “Xây dựng khách sạn 6 sao, trung tâm thương mại, trung tâm hội nghị, hội thảo và văn phòng cho thuê”. Sau khi góp vốn liên doanh xong, các bị cáo đã chỉ đạo Sabeco thoái vốn, chuyển quyền quản lý tài sản Nhà nước sang tư nhân trái pháp luật, gây thất thoát, thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước với số tiền hơn 2.700 tỷ đồng.
Bị cáo Vũ Huy Hoàng là người quyết định cho đầu tư dự án nhưng không chấp hành các Nghị quyết của Chính phủ. Tiếp đó, bị cáo Hoàng đã không chỉ đạo Sabeco thực hiện dự án đã được phê duyệt mà chỉ đạo Sabeco thoái toàn bộ vốn góp (chuyển nhượng vốn) của Sabeco tại Sabeco Pearl cho doanh nghiệp tư nhân tham gia liên doanh, với giá cổ phần thấp để hoàn tất việc chuyển quyền quản lý, sử dụng khu đất 6.080m2 tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng là tài sản nhà nước sang tài sản tư nhân trái pháp luật, gây thiệt hại, thất thoát hơn 2.700 tỷ đồng. Vì vậy, theo HĐXX, ý kiến của các luật sư đề nghị xem xét lại tội danh cho 2 bị cáo Vũ Huy Hoàng và Phan Chí Dũng là không có cơ sở.
Căn cứ vào hậu quả xảy ra, HĐXX xác định hành vi của các bị cáo là nguy hiểm cho xã hội, các bị cáo là người có chức vụ quyền hạn, nắm rõ các Nghị quyết của Chính phủ về việc không được đầu tư ngoài ngành. Tuy nhiên, các bị cáo vẫn cố ý thực hiện hành vi trái pháp luật, vi phạm quy định về quản lý đất đai, xâm phạm đến việc quản lý Nhà nước, gây thiệt hại lớn cho tài sản Nhà nước. Vì vậy, việc truy tố và xét xử đối với các bị cáo là có căn cứ, hoàn toàn cần thiết.
Xét kháng cáo của các bị cáo, HĐXX nhận thấy theo quy chế làm việc của Bộ Công Thương về việc phân công nhiệm vụ của Bộ thì Bộ trưởng là người lãnh đạo toàn diện công việc của Bộ. Bị cáo Hoàng là người có nhiều kinh nghiệm trong ngành, chịu trách nhiệm trước Chính phủ về những công việc của ngành Công Thương. Tuy nhiên, bị cáo Hoàng đã có những hành vi sai phạm, không chấp hành các Nghị quyết của Chính phủ. Cùng với đó, bị cáo Hoàng cũng đã chỉ đạo cấp dưới thực hiện việc thoái vốn của Sabeco tại Sabeco Pearl. Từ đó, HĐXX cho rằng việc đưa bị cáo Vũ Huy Hoàng ra xét xử là nhằm cải tạo, giáo dục và răn đe kịp thời.
Đối với bị cáo Phan Chí Dũng, theo nhận định của HĐXX, Sabeco là doanh nghiệp nhà nước do Bộ Công Thương quản lý trực tiếp. Mọi hoạt động này đều được báo cáo xin ý kiến của Bộ Công Thương thông qua Vụ Công nghiệp nhẹ. Theo HĐXX, qua đánh giá chi tiết vụ án, HĐXX xét thấy Tòa cấp sơ thẩm đã đánh giá và phân hóa vai trò của các bị cáo. Cụ thể, bị cáo Hoàng là người có vai trò lớn nhất, bị cáo Dũng có vai trò đồng phạm. 2 bị cáo còn lại có vai trò đồng phạm đối với các bị cáo tại các Sở, ban ngành của UBND TP Hồ Chí Minh.
Đánh giá các tình tiết giảm nhẹ của các bị cáo, HĐXX nhận định hiện các bị cáo đều đưa ra các tình tiết giảm nhẹ. Vì vậy, HĐXX cho rằng việc giảm nhẹ 1 phần hình phạt cho các bị cáo là hoàn toàn cần thiết để các bị cáo cố gắng hơn trong quá trình cải tạo. Theo đó, nguyên Bộ trưởng Bộ Công Thương Vũ Huy Hoàng bị tuyên án 10 năm tù (án sơ thẩm 11 năm tù); Phan Chí Dũng - nguyên Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ (Bộ Công Thương) 8 năm tù (án sơ thẩm 9 năm tù) cùng về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Bị cáo Lâm Nguyên Khôi - nguyên Phó Giám đốc Sở KH&ĐT TP Hồ Chí Minh nhận bản án 4 năm tù (án sơ thẩm 4 năm 6 tháng tù); Lê Quang Minh - nguyên Trưởng phòng Phòng Phát triển hạ tầng (Sở KH&ĐT TP Hồ Chí Minh) lĩnh án 3 năm tù (án sơ thẩm 3 năm 6 tháng tù) về tội “Vi phạm các quy định về quản lý đất đai”.
Về trách nhiệm dân sự, HĐXX quyết định giao khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng (TP Hồ Chí Minh) cho UBND TP Hồ Chí Minh. Đồng thời giao Ủy ban giải quyết đơn đề nghị của Công ty Quảng trường Mê Linh đảm bảo hài hòa lợi ích của các bên.