Theo đánh giá của ngành thuế, bên cạnh những kết quả đạt được, công tác tiếp công dân, giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo của các cục thuế còn hạn chế về cả nội dung, trình tự thủ tục và xem xét trách nhiệm qua kết quả giải quyết khiếu nại. Có trường hợp cơ quan thuế cấp dưới chưa làm hết trách nhiệm trong quá trình thanh tra, giải quyết khiếu nại lần đầu, đẩy trách nhiệm lên cơ quan thuế cấp trên. Cụ thể, tại Khánh Hòa, cùng một thửa đất nhưng có hai người nộp tiền sử dụng đất. Chỉ khi có đơn phản ánh, cơ quan thuế tại đây mới phát hiện sai sót trên.
Ngoài ra, nhiều cục thuế khi chưa có đầy đủ kết quả xác minh hóa đơn của DN bỏ địa chỉ kinh doanh nhưng cơ quan thuế vẫn ban hành quyết định xử lý vi phạm. Ví dụ được đại diện Tổng cục Thuế nêu ra như tại TP Hồ Chí Minh, cơ quan thuế xử lý không kịp thời các vi phạm của người nộp thuế dẫn đến việc khi có quyết định xử lý thì đã hết thời hiệu xử lý theo quy định pháp luật. Điều này khiến cơ quan chức năng không xử lý truy thu được thuế cho Nhà nước.Bên cạnh đó, có tình trạng địa phương giải quyết khiếu nại lần đầu theo phương án không công nhận nội dung đơn, chưa thực hiện đối thoại với DN nhưng đã ban hành quyết định về việc giải quyết khiếu nại dẫn đến việc DN không đồng ý và tiếp tục có đơn khiếu nại kéo dài. Ở Bình Dương, có trường hợp người nộp thuế không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu của cục thuế và tiếp tục gửi đơn khiếu nại. Tuy nhiên, thay vì phải lập phiếu chuyển đơn khiếu nại của người nộp thuế tới cơ quan có thẩm quyền, cơ quan thuế ở đây lại ban hành thông báo không thụ lý giải quyết tiếp. Điều này theo đại diện Tổng cục Thuế là “chưa đúng theo quy trình giải quyết khiếu nại.”Trước thực tế này, lãnh đạo Tổng cục Thuế đề nghị lãnh đạo các cục thuế địa phương có biện pháp chỉ đạo khắc phục, chấn chỉnh kịp thời những sai sót, tồn tại hạn chế trong công tác giải quyết khiếu nại. Lãnh đạo ngành thuế cũng yêu cầu các nơi nghiêm túc thực hiện đúng quy trình, quy chế giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân mà Tổng cục Thuế đã ban hành. Đặc biệt, các cục thuế được đề nghị bố trí cán bộ có trình độ chuyên môn, năng lực tốt làm công tác giải quyết đơn thư khiếu nại.