Đề án trên được triển khai từ năm 2021 đến năm 2025 với mục tiêu chung là công bố được các chỉ tiêu kiểm kê tài nguyên nước (lần đầu) trên các lưu vực sông liên tỉnh và trên phạm vi cả nước trên cơ sở thông tin, số liệu kiểm kê được thực hiện chính xác, đồng bộ, đúng thời gian. Các số liệu kiểm kê về tài nguyên nước, khai thác sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước là số liệu quan trọng phục vụ cho công tác quản lý Nhà nước về tài nguyên nước, quy hoạch, điều hòa, phân bổ tài nguyên nước; làm cơ sở để hoàn thiện chính sách, pháp luật về tài nguyên nước, và lập, điều chỉnh chiến lược, quy hoạch, kế hoạch khai thác sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, hướng tới việc đảm bảo an ninh tài nguyên nước, phát triển kinh tế-xã hội và chuyển đổi số quốc gia, cung cấp dịch vụ công trực tuyến trong lĩnh vực tài nguyên nước.
Đề án đặt mục tiêu cụ thể là tổng kiểm kê tài nguyên nước quốc gia để có được các chỉ tiêu kiểm kê lần đầu về tài nguyên nước, khai thác, sử dụng nước và xả nước thải vào nguồn nước, gồm: Lượng nước mặt; chất lượng nước mặt; chất lượng nước dưới đất; khai thác, sử dụng nước mặt; khai thác, sử dụng nước biển; xả nước thải vào nguồn nước... đồng thời, xây dựng phần mềm quản lý, cập nhật, khai thác dữ liệu kiểm kê tài nguyên nước quốc gia và công bố được kết quả kiểm kê tài nguyên nước trong kỳ kiểm kê trên các lưu vực sông liên tỉnh và trên phạm vi cả nước.Để đạt được mục tiêu trên, Đề án thực hiện xây dựng nội dung, dự toán và kế hoạch chi tiết để thực hiện kiểm kê tài nguyên nước trên phạm vi cả nước, bảo đảm khả thi, hiệu quả, đồng bộ và tránh lãng phí nguồn lực; thu thập, kế thừa các thông tin, số liệu liên quan đến chỉ tiêu kiểm kê, điều tra cơ bản từ các giai đoạn trước và trong kỳ kiểm kê.Xây dựng phần mềm quản lý, cập nhật, khai thác dữ liệu kiểm kê tài nguyên nước bảo đảm kết nối với cơ sở dữ liệu ngành tài nguyên môi trường và chuyển đổi số quốc gia; xây dựng các biểu mẫu, quy trình, phương pháp kiểm kê; tập huấn, chuyển giao và hướng dẫn sử dụng phần mềm, hướng dẫn kiểm kê.Thực hiện kiểm kê các chỉ tiêu tại thực địa; tổng hợp, xử lý, phân loại thông tin, số liệu kết quả thu thập, điều tra thực địa và cập nhật số liệu vào phần mềm; kiểm tra, đối chiếu đối với từng chỉ tiêu kiểm kê tài nguyên nước; tổng hợp, công bố kết quả tổng kiểm kê tài nguyên nước quốc gia, giai đoạn đến năm 2025.