Chương trình nhằm mục tiêu phát triển đồng bộ kết cấu hạ tầng kỹ thuật và hạ tầng xã hội trong các khu kinh tế ven biển, khu kinh tế cửa khẩu, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; tạo điều kiện thuận lợi và nền tảng cơ bản để kêu gọi, xúc tiến, đặc biệt là thu hút và triển khai mạnh mẽ các dự án đầu tư quy mô lớn; phát triển các ngành, lĩnh vực tại các khu vực ven biển, cửa khẩu và các khu vực khác có tiềm năng; đẩy mạnh phát triển và ứng dụng khoa học, công nghệ trong sản xuất, hỗ trợ phát triển và ứng dụng khoa học, công nghệ trong sản xuất; hỗ trợ phát triển các ngành nghề tiểu thủ công nghiệp.
Cụ thể, phấn đấu đến năm 2020, hoàn thành từ 200 đến 250km đường giao thông chính, công trình thoát nước, xử lý nước thải tập trung với công suất từ 13.000 đến 14.000 m3/ngày đêm, hạ tầng kỹ thuật và xã hội các khu tái định cư với tổng diện tích từ 150 đến 200ha của 16 khu kinh tế ven biển, trong đó tập trung chủ yếu cho 8 khu kinh tế ven biển trọng điểm có các dự án quy mô lớn đang và dự kiến triển khai trong giai đoạn 2016 - 2020.Hoàn thành từ 200 đến 220km đường giao thông, công trình xử lý nước thải tập trung với công suất từ 300 đến 400 m3/ngày đêm, xây dựng khoảng từ 8 đến 10km đường dây điện, san nền từ 60 đến 80ha, xây dựng từ 3 đến 5km hệ thống kè sạt lở, hoàn thành từ 8.000 đến 10.000m2 diện tích nhà làm việc chuyên ngành, bãi kiểm hóa, kho tàng bến bãi cho 21 khu kinh tế cửa khẩu, trong đó tập trung cho 9 khu kinh tế cửa khẩu trọng điểm có lưu lượng hàng hóa xuất nhập khẩu lớn.Đầu tư hoàn thành từ 80 đến 100km đường giao thông, từ 15 đến 20 công trình xử lý nước thải tập trung với công suất từ 40.000 đến 45.000 m3/ngày đêm cho từ 35 đến 40 khu công nghiệp và từ 30 đến 35 cụm công nghiệp tại các địa phương có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn và đặc biệt khó khăn; đầu tư hoàn thành rà phá bom mìn cho diện tích từ 550 đến 600 ha, san lấp từ 800 đến 850ha mặt bằng, từ 80 đến 85km đường giao thông, hệ thống mương dẫn và thoát nước mưa, nước thải đã qua xử lý dài khoảng 3,5 đến 4km, nhà máy xử lý nước thải tập trung với công suất 3.500 đến 4.000 m3/ngày đêm, hệ thống cấp điện dài 3,5 đến 4 km, xây dựng trạm biến áp 22/0,4 KVA cho 3 khu công nghệ cao.Đầu tư hoàn thành 150 đến 200ha san lấp mặt bằng, 35 đến 40km đường giao thông, hệ thống mương dẫn và thoát nước mưa, nước thải đã qua xử lý dài khoảng 10 đến 12km, xây dựng nhà máy xử lý nước thải tập trung với công suất 2.200 đến 2.500 m3/ngày đêm, hệ thống cấp điện dài 60 đến 80km cho 6 khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.Chương trình có 5 dự án thành phần gồm: Đầu tư hạ tầng khu kinh tế ven biển; đầu tư hạ tầng khu kinh tế cửa khẩu; đầu tư hạ tầng khu công nghiệp, cụm công nghiệp; đầu tư hạ tầng khu công nghệ cao; đầu tư hạ tầng khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.Tổng kinh phí thực hiện Chương trình là 20.982,02 tỷ đồng. Trong đó, vốn đầu tư phát triển từ ngân sách trung ương là 16.676,61 tỷ đồng (điều chỉnh tăng thêm khi có nguồn). Vốn đầu tư phát triển từ ngân sách địa phương và các nguồn vốn hợp pháp khác là 4.215,41 tỷ đồng.Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan thẩm định kế hoạch và phương án phân bổ vốn kế hoạch đầu tư trung hạn vốn ngân sách nhà nước cho các công trình/dự án thuộc Chương trình trong trung hạn 2016 - 2020 và hàng năm; chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính rà soát và tổng hợp các công trình/dự án thuộc chương trình mục tiêu đầu tư hạ tầng khu kinh tế ven biển, khu kinh tế cửa khẩu, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao trong kế hoạch đầu tư công trung hạn 5 năm 2016 - 2020 và hàng năm báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
