Từ 40 đầu mối của hai đơn vị trước khi sáp nhập (Học viện Hành chính Quốc gia có 17 đơn vị thuộc, trực thuộc, Trường ĐH Nội vụ Hà Nội có 23 đơn vị thuộc trực thuộc), sau khi sáp nhập theo phương án của Đề án, cơ cấu tổ chức bộ máy của Học viện có 21 đơn vị thuộc, trực thuộc (giảm 19 đơn vị).
Về cơ cấu tổ chức, ngoài các phòng, ban, khoa chuyên ngành, Học viện còn có 4 đơn vị sự nghiệp: Viện Nghiên cứu khoa học hành chính, Tạp chí Quản lý nhà nước, Trung tâm Kiểm định chất lượng đào tạo-bồi dưỡng, Trung tâm Công nghệ và Thư viện.
Các phân viện gồm 3 đơn vị: Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia TP Hồ Chí Minh, Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia khu vực miền Trung, Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia khu vực Tây Nguyên.
Học viện là đơn vị SNCL hạng đặc biệt, trực thuộc Bộ Nội vụ do Thủ tướng Chính phủ thành lập, là trung tâm quốc gia về đào tạo, bồi dưỡng, nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế trong lĩnh vực đào tạo, bồi dưỡng về hành chính, công vụ và quản lý Nhà nước. Học viện có chức năng đào tạo, bồi dưỡng về hành chính và quản lý nhà nước cho cán bộ, công chức, viên chức (CBCCVC) của hệ thống chính trị trong phạm vi cả nước và đào tạo ĐH, sau ĐH phục vụ nhu cầu nguồn nhân lực chất lượng cao của nền công vụ và của xã hội; nghiên cứu khoa học về hành chính Nhà nước, quản lý công, chính sách công và các lĩnh vực khác để tham mưu, phục vụ công tác quản lý Nhà nước của Bộ Nội vụ...
