Theo đó, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình giao Bộ Công an chỉ đạo điều tra, xác minh làm rõ việc Công ty VN Pharma nhập khẩu, lưu hành 6 loại thuốc nhãn hiệu do Công ty Health 2000 sản xuất tại Canada (nhưng trên thực tế Công ty Health 2000 không có nhà máy sản xuất tại Canada), nếu có dấu hiệu tội phạm thì khởi tố vụ án theo quy định của pháp luật; báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 8/2018.
Trước đó, ngày 30/10/2017, TAND Cấp cao tại TP Hồ Chí Minh đã tuyên hủy bản án sơ thẩm do TAND TP Hồ Chí Minh xét xử vào ngày 25/8/2017. Tại phiên tòa phúc thẩm, HĐXX đã ra lệnh bắt giam ngay tại tòa đối với bị cáo Nguyễn Minh Hùng (SN 1978, nguyên Chủ tịch HĐQT, Tổng Giám đốc VN Pharma); Võ Mạnh Cường (SN 1978, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Hàng hải quốc tế H&C), đồng thời tuyên phạt 2 bị cáo này cùng 12 năm tù về tội “Buôn lậu”.
Cùng chung nhóm tội “Buôn lậu” còn có bị cáo Nguyễn Trí Nhật (SN 1975, nguyên Phó giám đốc VN Pharma) 5 năm tù; Ngô Anh Quốc (SN 1984, nguyên Phó giám đốc VN Pharma) 4 năm tù; Phan Cẩm Loan (SN 1973, nguyên Phó trưởng phòng xuất nhập khẩu VN Pharma) 3 năm 6 tháng tù; Lê Thị Vũ Phương (SN 1982, nguyên Kế toán trưởng VN Pharma) 3 năm tù. Đối với nhóm tội “Làm giả con dấu tài liệu của cơ quan tổ chức”, gồm: Bùi Ngọc Duy 18 (SN 1986, nguyên Trưởng phòng nghiên cứu phát triển VN Pharma) tháng tù. Phạm Văn Thông (SN 1954, dược sĩ) 2 năm tù treo; Phạm Anh Kiệt (SN 1963, nguyên Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Dược Sài Gòn - Sapharco) 2 năm tù treo.
Tuy nhiên sau phiên tòa, dư luận khẳng định kết tội “Buôn lậu” đối với các bị cáo là không thỏa đáng, xử chưa đúng tội và bỏ sót tội phạm. Bởi hành vi của các bị cáo vi phạm tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh” theo điều 194 Bộ luật Hình sự 2015.
Liên quan đến vụ án này, Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo Thanh tra Chính phủ tiến hành thanh tra việc cấp phép nhập khẩu thuốc, cấp giấy đăng ký lưu hành đối với 7 loại thuốc do VN Pharma nhập về trước khi xảy ra vụ án. Thời gian thanh tra 4 tháng và phải báo cáo kết quả cho Thủ tướng trước ngày 31/12/2017.
