Báo cáo chỉ rõ, hầu hết các hồ trong nội thành Hà Nội đang bị ô nhiễm nghiêm trọng, đặc biệt là ô nhiễm hữu cơ. Hà Nội giờ chỉ còn Hồ Tây là hồ duy nhất có khả năng tự làm sạch. Tương tự, các sông chảy qua Hà Nội cũng đều trong tình trạng ô nhiễm nặng. Trong khi đó, các sông này lại là nguồn cấp nước tưới cho sản xuất nông nghiệp, sinh hoạt và công nghiệp của thành phố. Với nước ngầm, phân tích thành phần hóa học nước dưới đất cho thấy, nước ngầm tại Hà Nội có một số chỉ tiêu vượt quá giới hạn cho phép, trong đó chủ yếu là hàm lượng amoni, asen và hàm lượng hữu cơ. Trong đó, hàm lượng Asen cao đến trên 20mg/l tại khu vực Hoài Đức, hàm lượng amoni cao trên 100mg/l tại khu vực thị xã Hà Đông. Đáng chú ý, các yếu tố này đang có xu thế tăng theo thời gian cả về hàm lượng và diện tích phân bố.
