Việc thành lập Vườn quốc gia Phia Oắc - Phia Đén nhằm bảo tồn các hệ sinh thái đặc trưng, đa dạng sinh học; trong đó, đặc biệt là bảo tồn 90 loài thực vật và 58 loài động vật quý, hiếm; bảo tồn các giá trị văn hoá, danh lam thắng cảnh, môi trường sinh thái thông qua các chương trình, dự án; bảo vệ toàn bộ diện tích rừng tự nhiên, rừng trồng hiện có, phục hồi rừng tự nhiên và trồng rừng để nâng cao chất lượng và độ che phủ của rừng từ 84% năm 2016 lên 95% vào năm 2030, tạo không gian sống cho các loài động, thực vật;...

Vườn quốc gia Phia Oắc - Phia Đén có tổng diện tích tự nhiên 10.593,5ha.

Vườn quốc gia Phia Oắc - Phia Đén có tổng diện tích tự nhiên 10.593,5ha thuộc địa bàn 5 xã, huyện Nguyên Bình, tỉnh Cao Bằng: xã Thành Công, Quang Thành, Phan Thanh, Hưng Đạo và thị trấn Tĩnh Túc.

Nhiệm vụ của Vườn quốc gia Phia Oắc - Phia Đén là bảo vệ toàn bộ diện tích rừng hiện có, đồng thời khoanh nuôi phục hồi, làm giàu rừng tự nhiên, gây ươm các loài cây bản địa, đặc hữu quý hiếm để trồng rừng mới, nâng cao độ che phủ và đảm bảo an ninh môi trường; nâng cao khả năng phòng hộ của rừng về giữ nước, hạn chế xói mòn, lũ lụt, bảo vệ môi trường sinh thái, góp phần ổn định sản xuất, nâng cao đời sống cho người dân vùng hạ lưu.

Bên cạnh đó, thực hiện chính sách về dịch vụ môi trường, tổ chức nghiên cứu khoa học về bảo tồn, tổ chức giáo dục nâng cao nhận thức của cộng đồng về bảo vệ môi trường và đa dạng sinh học; tổ chức các hoạt động quản lý bảo vệ, bảo tồn và phát triển các nguồn gien quý, hiếm; cứu hộ động vật hoang dã; nghiên cứu khoa học; đào tạo phát triển nguồn nhân lực.

Đồng thời, khai thác các tiềm năng, lợi thế về du lịch sinh thái, cảnh quan, dịch vụ môi trường và các giá trị đa dạng sinh học để tăng nguồn thu cho Vườn quốc gia, góp phần phát triển kinh tế xã hội trong vùng.

Vườn quốc gia Phia Oắc - Phia Đén có 3 phân khu chức năng: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt; phân khu phục hồi sinh thái; phân khu dịch vụ hành chính. Trong đó, phân khu bảo vệ nghiêm ngặt có diện tích 4.035,5ha, tại Tiểu khu 338, 352 xã Thành Công; Tiểu khu 333, 334 xã Quang Thành; Tiểu khu 327, 337 xã Phan Thanh; Tiểu khu 321, 322 thị trấn Tĩnh Túc. Phân khu này có nhiệm vụ bảo vệ nghiêm ngặt hệ sinh thái rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới và á nhiệt đới núi trung bình; hệ sinh thái rừng lùn hay còn gọi là “rừng rêu” kiểu rừng của khí hậu ôn đới đặc trưng của miền Bắc Việt Nam; các loài đặc hữu, nguy cấp, quý hiếm.

Vùng đệm Vườn quốc gia có diện tích 8.276,1ha, trên địa bàn 42 thôn thuộc 6 xã và 1 thị trấn (xã Phan Thanh, Thành Công, Quang Thành, Hưng Đạo, Vũ Nông, Thể Dục và thị trấn Tĩnh Túc), huyện Nguyên Bình, tỉnh Cao Bằng.

Các chương trình hoạt động chủ yếu của Vườn quốc gia gồm: Chương trình bảo vệ tài nguyên rừng và bảo tồn đa dạng sinh học; chương trình phục hồi sinh thái rừng; chương trình nghiên cứu khoa học, đào tạo và phát triển nguồn nhân lực; chương trình xây dựng kết cấu hạ tầng phục vụ bảo tồn; chương trình phát triển du lịch và giáo dục môi trường; chi trả dịch vụ môi trường rừng; chương trình hỗ trợ phát triển kinh tế - xã hội vùng đệm.