Theo Quyết định số 2379/QĐ-TTCP ngày 15/9/2016 của Tổng Thanh tra Chính phủ, Thanh tra Chính phủ sẽ tiến hành thanh tra trách nhiệm của Đại học Quốc gia Hà Nội trong việc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy, quản lý tài chính và thực hiện các dự án giai đoạn 2013-2015, khi cần thiết có thể xem xét trước hoặc sau thời kỳ trên.

Thời hạn thanh tra là 60 ngày làm việc thực tế (không kể ngày nghỉ, ngày lễ) kể từ ngày công bố quyết định thanh tra. Đoàn thanh tra do ông Nguyễn Minh Mẫn, Thanh tra viên cao cấp, Quyền Vụ trưởng Vụ 3, Thanh tra Chính phủ làm Trưởng đoàn.

Đồng thời, Thanh tra Chính phủ công bố quyết định thành lập Tổ giám sát thực hiện nhiệm vụ giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra. Tổ giám sát do ông Dương Văn Phấn, Thanh tra viên cao cấp, Phó Vụ trưởng Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra, Thanh tra Chính phủ làm Tổ trưởng.