Đáng chú ý nhất là cuộc đấu quyết liệt giữa Liên đoàn Bóng đá (LĐBĐ) Việt Nam (VFF) và LĐBĐ Malaysia. Gọi là cuộc đấu giữa 2 LĐBĐ bởi chỉ có VFF là công khai và phản ứng quyết liệt nhất Ban tổ chức (BTC) SEA Games 2017. Những LĐBĐ còn lại hoặc không có vị thế trong cuộc đối đầu với LĐBĐ vốn chi phối LĐBĐ Đông Nam Á (AFF) và LĐBĐ châu Á (AFC) thông qua những quan chức hàng đầu hoặc không tin vào chiến thắng cuối cùng.
Tuy nhiên, bằng những lý lẽ và áp lực rất lớn của mình, VFF đã buộc nước chủ nhà SEA Games phải thay đổi. Họ phải chấp nhận lấy tiêu chí bốc thăm như SEA Games 2015 thay vì thay đổi luật chơi một cách chẳng giống ai. Có nhiều lý do để VFF buộc đối thủ phải lắng nghe quan điểm của mình, bởi Phó Chủ tịch Trần Quốc Tuấn đang là Phó Chủ tịch AFF. Ông Tuấn cũng chính là người ủng hộ nhiệt thành nguyên Tổng Thư ký LĐBĐ Malaysia Ahmad Azzuddin làm Tổng Thư ký AFF. Nhờ sự ủng hộ của ông Ahmad Azzuddin, LĐBĐ Malaysia đã chấp nhận thay đổi luật chơi.
Đây không phải là lần đầu tiên VFF với tư cách một LĐBĐ quốc gia có vị thế dẫn dắt ở Đông Nam Á có những cuộc đấu với các đối thủ trong khu vực. Bởi lẽ, khi bước ra đấu trường quốc tế, quyền lợi quốc gia được đặt lên hàng đầu. Liên đoàn nào có tầm ảnh hưởng đến số đông sẽ giành chiến thắng trong cuộc đấu thượng tầng. Ngay cả việc phân công trọng tài ở các giải đấu quốc tế, hay đăng cai AFF Cup hoặc những sự kiện lớn của bóng đá khu vực, châu lục cũng ghi nhận những cuộc đấu căng thẳng, quyết liệt. Càng giành được nhiều quyền đăng cai, có chân ở các tổ chức quốc tế thì càng chứng tỏ LĐBĐ quốc gia có vị thế lớn.SEA Games - sân chơi mà các đoàn thể thao luôn đối diện với áp lực phải có được vị thế chung cuộc cao nhất ghi nhận những màn tranh cãi kịch liệt. Đặc biệt, giữa các đoàn thể thao và nước chủ nhà luôn nảy sinh những mâu thuẫn lớn. Bên cạnh đó là mâu thuẫn giữa các đoàn thể thao mạnh với các đoàn thể thao khác trong công tác trọng tài. Thường thì những đoàn có nhiều quan chức, trọng tài tham gia điều hành ở các môn thể thao thì đương nhiên sẽ nắm lợi thế. Thậm chí, các trọng tài sẵn sàng điều hành kiểu "đè ngửa" đối thủ, hoặc chấp nhận sự phạm luật của những VĐV của đoàn thể thao thân với mình.Theo kinh nghiệm, ở mỗi kỳ SEA Games, mỗi khi có VĐV Việt Nam thi đấu, đặc biệt là tại các nội dung có khả năng tranh chấp huy chương thì lãnh đạo Đoàn thể thao Việt Nam phải túc trực thường xuyên. Họ phải đấu tranh với BTC SEA Games, các trọng tài nhằm bảo vệ quyền lợi cho các VĐV. Đặc biệt là ở những nội dung mang tính đối kháng, cảm nhận chủ quan của các trọng tài sẽ quyết định sự thành bại của từng VĐV thì tranh cãi có nguy cơ bùng phát bất cứ lúc nào.Cách đây không lâu, Đoàn thể thao Việt Nam từng phải kiến nghị lên Hội đồng thể thao Đông Nam Á khi VĐV chủ nhà vi phạm luật nhưng vẫn được công nhận chiến thắng ở môn điền kinh. Rất may là kiến nghị ấy có cơ sở khi các phóng viên cung cấp được băng ghi hình VĐV chủ nhà chạy chứ không phải đi bộ về đích.
