Biết rằng tích hợp là một trong những biện pháp để đổi mới căn bản GD&ĐT, nhưng ông Trung cho rằng không thể áp dụng đối với môn GDQPAN. Ai cũng biết, môn học này có vị trí, vai trò rất quan trọng trong giáo dục học sinh, sinh viên lòng yêu nước, ý thức tổ chức kỷ luật, tinh thần tập thể, tư duy và kiến thức quốc phòng, quân sự cần thiết cho sự nghiệp bảo vệ Tổ quốc. Kể từ khi miền Bắc nước ta được hoàn toàn giải phóng đến nay, trong các Nghị định, Nghị quyết, Chỉ thị của Chính phủ, T.Ư; trong một số văn bản luật đều nêu rõ GDQPAN là một bộ phận của nền giáo dục quốc dân. Cũng như coi nhiệm vụ GDQPAN trong chương trình ở các trường THPT là rất cần thiết, là môn học chính khóa nhằm củng cố nền quốc phòng toàn dân và thế trận an ninh Nhân dân để bảo Tổ quốc.
Giám đốc Học viện Quốc phòng khẳng định, đây là môn học đặc thù cả về nội dung, phương pháp và hình thức. Có đến hơn 80% các bài giảng có nội dung mang tính chất trang bị những kiến thức, kỹ năng cần thiết để bảo vệ Tổ quốc. Các chuyên đề về lịch sử, truyền thống đánh giặc giữ nước không giảng theo kiểu thông sử mà chủ yếu là đúc kết những điểm nổi bật về nghệ thuật quân sự đánh giặc giữ nước của ông cha. Và nêu rõ những bài học kinh nghiệm qua các cuộc đấu tranh giữ nước gắn liền với những danh nhân lớn của dân tộc. Các nội dung thực hành có sử dụng thuốc nổ, đạn hơi hay đạn thật đòi hỏi phải có hệ thống thao trường, bãi tập riêng. Đội ngũ giáo viên trực tiếp giảng dạy phải có kiến thức chuyên môn vững, thuần thục động tác và các kỹ năng quân sự, vừa giảng vừa phải thực hiện động tác mẫu để học sinh làm theo. Nhà trường phải phối hợp với các lực lượng vũ trang địa phương, đơn vị quân đội đóng quân trên địa bàn để tạo ra môi trường học tập có hiệu quả…
“Chúng ta đều biết tình hình thế giới ngày nay tuy hòa bình, hợp tác và phát triển vẫn là xu thế chủ đạo. Song, khu vực châu Á - Thái Bình Dương sẽ có những diễn biến phức tạp mới, tiềm ẩn nhiều bất trắc khó lường. Tình hình này đặt ra cho công tác bồi dưỡng kiến thức quốc phòng - an ninh nói chung, GDQPAN nói riêng cho học sinh phổ thông với những yêu cầu mới cao hơn. Vì thế, GDQPAN phải là môn học chính khóa trong các cơ sở giáo dục từ THPT đến đại học” - ông Trung kiến nghị. Do đó, ông Trung đề nghị Ban soạn thảo của Bộ GD&ĐT cần chỉnh lại dự thảo chương trình giáo dục phổ thông mới, không nên đưa môn GDQPAN tích hợp với các môn khác ở cấp THPT.