Trong công tác kiểm tra, xử phạt hành chính đối với các website TMĐT vi phạm pháp luật, Cục đã phối hợp với các Chi cục Quản lý thị trường Hà Nội, TP.HCM, Phòng phòng chống tội phạm Công nghệ cao (PC50) Công an Hà Nội… tổ chức kiểm tra và xử lý vi phạm đối với các doanh nghiệp sở hữu website TMĐT, đã xử lý gần 100 trường hợp website TMĐT vi phạm pháp luật. Cục TMĐT&CNTT cũng đã hỗ trợ, cung cấp thông tin cho Chi cục Quản lý thị trường Hà Nội và TP.HCM danh sách website vi phạm do bán rượu, thực phẩm chức năng, website bán hàng giả, đồ chơi trẻ em, danh sách các website đã tiến hành đăng ký thông báo… nhằm phục vụ công tác kiểm tra, kiểm soát thị trường và xử lý vi phạm.