Theo đó, Cục Hải quan được tổ chức và hoạt động theo 3 cấp: Cục Hải quan, Chi cục Hải quan khu vực và Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu. Việc tổ chức lại bộ máy nhằm tinh gọn hành chính, nâng cao hiệu quả hoạt động và đáp ứng yêu cầu hiện đại hóa hải quan.
Tại cơ quan Cục Hải quan, 16 Vụ, Cục và đơn vị tương đương thuộc Tổng cục Hải quan trước đây được tổ chức lại thành 12 ban và chi cục gồm: Văn phòng, Ban Pháp chế, Ban Tổ chức cán bộ, Ban Thanh tra - Kiểm tra, Ban Tài vụ - Quản trị, Ban Giám sát quản lý về hải quan, Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, Ban Quản lý rủi ro, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan.
Trong đó, một số đơn vị như Văn phòng, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng.
Cấp Chi cục Hải quan khu vực được tổ chức lại từ 35 Cục Hải quan tỉnh, thành phố thành 20 Chi cục Hải quan khu vực, mang số thứ tự từ I đến XX. Các Chi cục này có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản tại Kho bạc Nhà nước, giữ vững chức năng quản lý nhà nước về hải quan trên địa bàn. Mỗi Chi cục Hải quan khu vực trung bình không quá 8 đơn vị trực thuộc như văn phòng, phòng và đội.
Cấp Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu được tổ chức lại từ các Chi cục Hải quan hiện nay, với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được kế thừa từ hệ thống cũ. Toàn quốc sẽ có không quá 165 đơn vị Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu, bảo đảm hoạt động xuất nhập khẩu, thông quan hàng hóa liên tục.
Sau khi sáp nhập, tổ chức lại từ Tổng cục Hải quan thành Cục Hải quan, số lượng đầu mối giảm từ 902 xuống còn 417, tương đương 53,77%. Hiện Cục Hải quan đang khẩn trương hoàn thiện quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan hải quan các cấp nhằm đảm bảo việc thông quan hàng hóa diễn ra bình thường, không bị gián đoạn.
