Theo đó, UBND TP Hồ Chí Minh kiến nghị Thủ tướng chấp thuận cho TP được sử dụng ngân sách TP để bố trí kinh phí, đảm bảo điều kiện thực hiện nhiệm vụ của Công ty vận hành metro số 1 trong giai đoạn chuẩn bị vận hành khai thác thương mại tuyến metro số 1.
Và nếu trong trường hợp được Thủ tướng chấp thuận, TP Hồ Chí Minh kiến nghị Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư (KH&ĐT) có ý kiến hướng dẫn việc bố trí ngân sách, phương thức chi đối với nội dung nêu trên.
Cụ thể, trong văn bản kiến nghị khẩn gửi Thủ tướng, UBND TP Hồ Chí Minh trình bày về việc, Công ty vận hành metro 1 đã không còn đủ nguồn tạm ứng từ vốn điều lệ ban đầu để duy trì hoạt động. Do đó, công ty sẽ không có kinh phí để trả lương, đóng các khoản bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm tai nạn lao động - bệnh nghề nghiệp... cho người lao động. Ngoài ra, công ty cũng không còn đủ nguồn tạm ứng để trả các chi phí điện, nước, viễn thông... cho văn phòng.
Cụ thể, hiện công ty chỉ còn khoảng 15 người, bao gồm cả nhân viên và các lãnh đạo. Còn 58 lái tàu đang được đào tạo nhưng phải tạm ngưng công tác do chờ ký kết phụ lục hợp đồng số 19 (hợp đồng tư vấn chung) của dự án.
Với vốn điều lệ là 14 tỷ đồng được cấp từ khi thành lập, công ty sử dụng để mua sắm trang thiết bị văn phòng. Còn kinh phí hoạt động của công ty vẫn chưa được cấp ngân sách theo đề án thành lập công ty đã được Thủ tướng phê duyệt.
Đồng thời, cũng do tiến độ xây dựng, đưa vào khai thác tuyến metro 1 bị chậm so với dự kiến nên đến nay công ty vận hành metro số 1 cũng chưa có nguồn thu.
Tuyến metro số 1 dài 19,7km, trong đó có 2,6km đi ngầm với tổng mức đầu tư hơn 43.757 tỷ đồng. Tuyến có tổng cộng 14 nhà ga (11 ga trên cao và 3 ga ngầm) bắt đầu từ depot Long Bình (Thành phố Thủ Đức) và kết thúc ở ga Bến Thành (quận 1).
Năm 2006, tuyến metro số 1 chính thức được khởi động, do Cục Đường sắt Việt Nam - Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) làm chủ đầu tư, Công ty cổ phần tư vấn thiết kế GTVT phía nam (Tedi South) là đơn vị được giao lập dự án.
Trên cơ sở kết quả thẩm định thiết kế cơ sở của Bộ GTVT, tháng 4/2007, UBND TP phê duyệt dự án với tổng mức đầu tư tương đương 17.388 tỷ đồng.
Tuy nhiên, đến năm 2009, tổng mức đầu tư dự án được đơn vị tư vấn NJPT của Nhật Bản cập nhật, tính toán lại lên khoảng 47.325 tỷ đồng, trong đó vốn vay ODA của Nhật Bản chiếm tới 88,4%, tương đương 41.834 tỷ đồng, còn lại là vốn đối ứng của TP.
Việc điều chỉnh vốn tăng cao khiến tiến độ tuyến metro số 1 gặp nhiều khó khăn và phải đến ngày 28/8/2012 dự án mới được khởi công xây dựng. Vì thế, tiến độ chung cũng lùi lại 2 năm so với kế hoạch ban đầu hoàn thành năm 2018.
Sau khi duyệt vốn đầu tư lên hơn 47.000 tỷ đồng, trên cơ sở đồng thuận của các bộ, ngành liên quan, TP Hồ Chí Minh đã ký kết 2 hiệp định vay ODA với số tiền 31.000 tỷ đồng của Tổ chức JICA (Nhật Bản) và giải ngân được khoảng 40%, tương đương 43% tổng khối lượng thực hiện của toàn dự án. Tuy nhiên, chậm trễ thông qua chủ trương tăng vốn để giải ngân khiến tuyến metro số 1 không ít lần rơi vào tình cảnh “khốn khổ”.
Trong đó, cuối năm 2015, liên danh nhà thầu chính thi công gói thầu số 2 (Sumitomo - Cienco 6) đã có đơn yêu cầu TP Hồ Chí Minh bồi thường thiệt hại do chậm bàn giao mặt bằng so với cam kết trong hợp đồng, với số tiền lên đến 2,5 tỷ đồng/ngày. Sau 3 năm, dự án không những không vượt được “ải” thiếu tiền mà tình hình ngày càng nghiêm trọng, thậm chí đối mặt nguy cơ ngừng thi công.
Liên tục phải “giật gấu vá vai”, tạm ứng hơn 4.000 tỷ đồng để “giải nguy” cho dự án, suốt trong giai đoạn từ 2016 - 2019, tuyến metro số 1 liên tục vấp phải nhiều trở ngại không chỉ về thủ tục, vốn mà còn về mặt nhân sự điều hành, khiến việc đưa vào khai thác vận hành tuyến chật vật trong suốt hơn 15 năm.