Theo đó, trong phần xét hỏi tại phiên tòa đã phát sinh một số tình tiết mới, xét thấy không thể làm rõ ngay được tại phiên tòa, nên HĐXX đã quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung, làm rõ việc các bị cáo tại SMES có chiếm đoạt tiền của Tổng Công ty CP Bảo hiểm dầu khí Việt Nam (PVI) và PVFI hay không. Nếu có chiếm đoạt thì số tiền chiếm đoạt là bao nhiêu và chiếm đoạt theo phương thức nào?
Theo cáo trạng truy tố, SMES thành lập năm 2006, có vốn điều lệ 255 tỷ đồng và do bị cáo Phan Huy Chí là Chủ tịch HĐQT cùng bị cáo Phạm Minh Tuấn - Tổng Giám đốc, là người đại diện pháp luật.
Từ tháng 4/2010 - 3/2011, do cần tiền để sử dụng cá nhân và thanh toán các khoản nợ cũ, bị cáo Chí và Tuấn cùng ba cấp dưới tại SMES đã sử dụng nhiều thủ đoạn như tạo dựng khách hàng, xác nhận, phong tỏa khống số dư chứng khoán có tính thanh khoản cao trong tài khoản giao dịch chứng khoán của các khách hàng. Điều này nhằm tạo niềm tin và chiếm đoạt của Tổng Công ty CP Bảo hiểm Dầu khí Việt Nam (PVI), PVFI và Ngân hàng thương mại cổ phần Habubank Hà Nội với tổng số tiền gần 300 tỷ đồng.
Cáo trạng xác định, hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản của PVFI được thực hiện là nhờ có sự tiếp tay, thực hiện không đúng, không đầy đủ trách nhiệm của 4 bị cáo là cựu lãnh đạo, cán bộ tại PVFI. Cơ quan công tố cũng xác định khi PVFI ký kết các hợp đồng về việc niêm yết chứng khoán với SMES, đã không có mặt các bên cùng tham gia, không thực hiện đúng với nội dung hợp đồng. Từ đó, tạo điều kiện để cựu chủ tịch Công ty chứng khoán SME cùng đồng phạm chiếm đoạt gần 112 tỷ đồng của PVFI.
Trước khi đưa vụ án ra xét xử, cựu Chủ tịch Công ty chứng khoán SME và gia đình đã trả cho PVI hơn 80 tỷ đồng. Bị cáo Phạm Minh Tuấn chưa bồi thường cho PVI. Còn với vụ án xảy ra tại Habubank, trước khi khởi tố, Phạm Minh Tuấn đã khắc phục 8,3 tỷ đồng. Số tiền còn lại hơn 71 tỉ đồng, Tuấn cùng đồng phạm có trách nhiệm liên đới bồi thường cho Habubank.
Hành vi của bị cáo Chí và Tuấn bị cáo buộc tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và nhóm bị cáo cựu cán bộ PVFI là "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".