Tuy nhiên, mẫu thực phẩm ngày xảy ra ngộ độc (11/9) nhà trường đã không còn lưu lại. Trong khi đó, theo quy định của Bộ Y tế, thời gian lưu mẫu thức ăn của các bữa ăn tập thể từ 30 suất trở lên tối thiểu 24 giờ, trong trường hợp nghi ngờ xảy ra ngộ độc thực phẩm hoặc có yêu cầu của cơ quan quản lý thì không được hủy mẫu lưu cho đến khi có thông báo khác.
Theo kết quả điều tra của Chi cục VSATTP Hà Nội, bếp ăn tập thể trường mầm non Lại Yên do nhà trường tự nấu với tổng số suất ăn 580 suất. Thực đơn bữa trưa ngày 11/9 gồm món đậu phụ, thịt lợn viên mọc xốt cà chua; canh rau ngót nấu cua; sữa chua Ba Vì. Thực đơn bữa chiều ngày 11/9 gồm cháo (thịt gà,thịt lợn, hạt sen, rau xanh); thực phẩm bổ sung Nutifood. Kiểm tra điều kiện VSATTP thực tế tại khu bếp cho thấy, bếp theo nguyên tắc một chiều, có biện pháp ngăn ngừa côn trùng và động vật gây hại, có đầy đủ dụng cụ chế biến riêng đối với thực phẩm tươi sống, đã qua chế biến. Tuy nhiên, kho bếp không có giá kệ kê cao thực phẩm. Đặc biệt, mẫu thức ăn ngày 11/9 - ngày xảy ra nghi ngờ ngộ độc nhà trường đã không còn lưu lại, mẫu thức ăn ngày 11/9 không còn lưu. Trước đó, ngày 12/9, có 2 phụ huynh thông báo với nhà trường có 2 cháu học sinh có triệu chứng đi ngoài (4-5 lần/ngày), sốt sau khi khám tại trạm y tế và được gia đình điều trị tại nhà. Ngày 14/9, Chi cục VSATTP điều tra tại Bệnh viện đa khoa huyện Hoài Đức và Nhi T.Ư: Vào lúc 15 giờ ngày 11/9 có 2 bệnh nhân sốt, đi ngoài (1-2 lần) được điều trị tại khoa nhi Bệnh viện Hoài Đức. Ngày 12-13/9 có 5 bệnh nhân được khám tại 2 bệnh viện trên được chẩn đoán rối loạn tiêu hóa, bệnh viện kê đơn điều trị tại nhà. Kết luận sơ bộ của Chi cục VSATTP cho rằng, có 9 trường hợp rối loạn tiêu hóa nhẹ (Nghi do ngộ độc thức ăn) trong đó 4 bệnh nhân đi viện và 5 bệnh nhân điều trị tại nhà. Hiện tại 7 cháu đã ổn định ( ăn uống tốt, không sốt, không nôn, không đi ngoài phân lỏng) và được nuôi dưỡng tại nhà, 2 cháu điều trị ở bệnh biện dự kiến chiều 14/9/2017 ra viện. Chưa phát hiện thêm trường hợp mắc mới. Chi cục trưởng Chi cục VSATTP Trần Ngọc Tụ cho biết, ngay sau vụ việc Chi cục đã yêu cầu trường tiếp tục theo dõi, phát hiện, giám sát chặt chẽ các trường hợp mới phát sinh, đồng thời tiến hành tổng vệ sinh môi trường, khử trùng khu vực chế biến, khu vực liên quan. Đề nghị Phòng Y tế, Trung tâm Y tế, Phòng Giáo dục & Đào Tạo và Ủy ban nhân dân xã Lại Yên tiếp tục tăng cường công tác quản lý an toàn, tuyên truyền, tổng vệ sinh môi tường để người dân được yên an tâm việc đảm bảo an toàn thực phẩm trong trường học.