Theo nhận định của VKS, hành vi của các bị cáo đã trực tiếp xâm phạm đến quản lý kinh tế, gây bất bình trong quần chúng Nhân dân. Tuy nhiên, trong giai đoạn điều tra, truy tố và xét xử, nhiều bị cáo đã nhận thức rõ trách nhiệm của bản thân, nhân thân chưa có tiền án tiền sự, có thành tích tốt trong công tác. Do đó, đại diện VKS cho rằng cần có mức án tương xứng với hành vi phạm tội của các bị cáo mới có tác dụng giáo dục, răn đe và phòng ngừa chung. Tuy nhiên, VKS cũng phân tích vai trò, trách nhiệm của từng bị cáo để đề nghị mức án phù hợp với hành vi phạm tội.
Cụ thể, VKS nhận định hành vi sai phạm của các bị cáo gây thiệt hại lớn. Quá trình điều tra, bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng - Phó Tổng Giám đốc VEC, nguyên Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi khai báo quanh co, đổ trách nhiệm cho cấp trên, cấp dưới. Tuy nhiên, đến giai đoạn truy tố, xét xử, bị cáo đã khai báo rõ hành vi sai phạm của mình.
Trong khi đó, bị cáo Lê Quang Hào - Phó Tổng Giám đốc VEC, nguyên Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi được VKS xác nhận đã khai báo rõ hành vi sai phạm, nhận thức rõ vai trò của của bản thân, hợp tác tốt với CQĐT. Với các bị cáo còn lại, VKS cho rằng các bị cáo đã khai báo, nhận thức rõ trách nhiệm của bản thân.
Theo đại diện VKS, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi do Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) làm chủ đầu tư và có tổng chiều dài toàn tuyến là hơn 139km từ TP Đà Nẵng - TP Quảng Ngãi (tỉnh Quảng Ngãi). Dự án được khởi công năm 2013, đến năm 2017 thì hoàn thành thông xe, được đưa vào khai thác sử dụng giai đoạn I dài 65km từ TP Đà Nẵng – TP Tam Kỳ. Ngày 2/9/2018 hoàn thành thông xe, được đưa vào khai thác sử dụng giai đoạn II dài 74,2km từ TP Tam Kỳ - Quảng Ngãi.
Mặc dù mới đưa vào khai thác, đoạn đường 65km đã xảy ra rất nhiều điểm hỏng biểu hiện trên mặt đường bê tông nhựa, ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc vận hành khai thác, an toàn khi tham gia giao thông. Kết luận giám định cho thấy, chất lượng công trình xây dựng hoàn thành đối với 7/7 gói thầu (phần đường) thuộc giai đoạn I của dự án không đảm bảo chất lượng đúng như tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế dự án.
Quá trình thi công, nghiệm thu, các bên liên quan đã không thực hiện đo nghiệm thu cường độ mặt đường trên các lớp vật liệu hoàn thành, không đo hệ số thấm của lớp bê tông nhựa tạo nhám để đánh giá chất lượng công trình xây dựng sau khi thi công, dẫn đến không kiểm soát được chất lượng hạng mục công trình xây dựng nhưng đã ký nghiệm thu, đề nghị đưa công trình vào khai thác sử dụng.
Cơ quan tố tụng kết luận VEC, Ban Quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và các đơn vị liên quan không có phương án, biện pháp chỉ đạo cụ thể để rà soát, kiểm tra, loại bỏ vật liệu không đảm bảo chất lượng, dẫn đến cả 7/7 gói thầu đều sử dụng đá tại các mỏ này làm vật liệu sản xuất các lớp cấp phối đá dăm và bê tông nhựa các loại. Mặc dù giá trị các hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo nhưng chủ đầu tư và các đơn vị liên quan đã tiến hành nghiệm thu, thanh toán số tiền hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án.
Từ những nhận định trên, đại diện VKS đã đề nghị HĐXX tuyên phạt bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng từ 7 - 8 năm tù và Lê Quang Hào từ 6 - 7 năm tù cùng về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”. Nhóm bị cáo thuộc Ban quản lý dự án gồm: Hoàng Việt Hưng từ 9 - 10 năm tù; Nguyễn Tiến Thành và Hà Văn Bình từ 6 -7 năm tù; Đỗ Ngọc Ân và Lê Nhiều từ 5 - 6 năm tù.
Đối với nhóm các bị cáo là nhà thầu thi công bị đề nghị thấp mức án nhất 24 tháng tù nhưng cho hưởng án treo và cao nhất 8 năm tù. Với nhóm bị cáo là kỹ sư tư vấn giám sát bị đề nghị mức án thấp nhất 24 tháng tù và cao nhất 6 năm tù. Đối với dân sự, buộc các nhà thầu bồi thường VEC số tiền 811 tỷ đồng và dành quyền khởi kiện yêu cầu bồi thường của các nhà thầu trong vụ án khác.